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[mRNA-seq] 富集分析时背景基因的选择

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发表于 2019-2-20 16:46:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
测序数据获得差异表达的基因log2FoldChange,构建了geneList,准备用clusterProfilter进行富集分析。此时,背景基因应该用函数默认的,还是应该选择差异基因分析后获得的全体基因呢(包括差异性基因和非差异性基因,这个数目通常要比原始的矩阵的基因数要少)?

如果选择系统背景基因,某些系统背景基因在某些组织或肿瘤中可能是不表达的,基因是沉默的,这类基因纳入超几何分布的总体是不是不太合适?而差异基因分析后(如DESeq2、edgeR)的全体基因往往被认为是有基础表达才会纳入分析,作为背景基因很合适。
请大家解疑。谢谢!



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