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基因芯片的预处理--小白问题

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发表于 2019-2-20 17:48:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
刚刚开始接触芯片数据,关于基因芯片数据预处理的一些小白问题,求教
1. 我一共从网上下载了12组芯片数据,但各个数据的标准化方式均不同,有用MAS5, RMA和Quantile Normalized,是需要统一成一种标准化方法还是说针对不同公司的芯片数据其标准方法会不同?
2. 针对affy芯片的数据,有用RMA和MAS5两种的,观察数据,运用MAS5的我的数据均为GPL570平台,是否需要将其全部转化为同一标准化方法。后续进行meta-analysis。
3. 关于meta-analysis的一个小问题,我用log Fold change作为effect size,请问,这个effect size的方差怎么计算,是根据多因素方差检验进行计算吗?
求各位大神指点一二
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发表于 2019-8-13 05:48:13 | 显示全部楼层
有专门的R包处理类似批次效应,然后合并分析,其中之一常用的是sva包,combat函数了解一下。
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 楼主| 发表于 2020-7-30 16:42:26 | 显示全部楼层
渊梦无痕 发表于 2019-8-13 05:48
有专门的R包处理类似批次效应,然后合并分析,其中之一常用的是sva包,combat函数了解一下。 ...

非常感谢
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