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[other] 问问高手,蛋白组学有没有类似GEO的公共数据库?

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发表于 2019-2-21 15:03:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
我涉足生物信息学的时间短,基因的公共数据库比较多,想问问大家:蛋白组学有没有类似GEO的公共数据库?如果有能不能给个链接。



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发表于 2019-2-24 23:43:44 | 显示全部楼层
蛋白质组学数据一般共享在proteome xchange网站

我们都在,大部分ngs数据已经芯片数据都是上传GEO/SRA/ENA数据库,看到一篇文章是关于蛋白质的,提到:

The mass-spectrum data of breast cancer cell line secretome were deposited in ProteomeXchange with the primary accession code PXD007227.

才知道有这个数据库:http://proteomecentral.proteomex ... ataset?ID=PXD007227

看起来数据整理的也很不错,原始数据都是可以在ftp服务器里面下载的:ftp://ftp.pride.ebi.ac.uk/pride/data/archive/2017/10/PXD007227



还有另外一篇文章也是提到:

DATA AND SOFTWARE AVAILABILITY

All mass spectrometry raw data have been deposited to the iProX, a full member of the ProteomeXchange consortium (Dataset ID: IPX0001297000). The sequence data reported in this paper have been deposited in the NCBI through GEO Series accession number: GSE119086 for ChIP-seq data and GSE119088 for RNA-seq data.


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 楼主| 发表于 2019-2-28 20:31:31 | 显示全部楼层
bioinfotrainee 发表于 2019-2-24 23:43
蛋白质组学数据一般共享在proteome xchange网站

我们都在,大部分ngs数据已经芯片数据都是上传GEO/SRA/ENA ...

谢谢,高手的指点,涨知识
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