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[其他] 请教几个有关GEO数据的基因表达差异分析中遇到的问题

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发表于 2019-2-23 12:39:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 enhe 于 2019-2-23 12:39 编辑

楼主是研一的学生,刚开始接触生信。最近在学习有关GEO数据的基因表达差异分析。我从https://www.bioconductor.org/hel ... ene.expression.html学习了一下从GEO上下载CEL文件格式的数据并筛选差异表达基因。
问题:
1:对于如何用R从 包所需要的表达矩阵,分组矩阵搞不清楚
2:此外如果我是直接下载的
GSE54236_RAW.tar1.4 Gb(http)(custom)TAR (of TXT)
这种数据又该怎么做差异表达分析呢?
我有注意到关键还是要构建表达矩阵 分组矩阵以及差异表达矩阵。目前我只使用CEL文件处理,对于这种txt的处理完全搞不懂

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 楼主| 发表于 2019-2-23 17:44:36 | 显示全部楼层
有没有咧
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发表于 2019-3-13 11:40:06 | 显示全部楼层

你可以直接下载表达矩阵,
eSet<- getGEO('GSE10001')
#获得表达矩阵
exprSet=exprs(eSet[[1]])
##实验分组信息获得
pdata=pData(eSet[[1]])
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