请教几个有关GEO数据的基因表达差异分析中遇到的问题

enhe

楼主是研一的学生，刚开始接触生信。最近在学习有关GEO数据的基因表达差异分析。我从https://www.bioconductor.org/hel ... ene.expression.html学习了一下从GEO上下载CEL文件格式的数据并筛选差异表达基因。
问题：
1：对于如何用R从

Series Matrix File(s)这种文件中获取  limma

包所需要的表达矩阵，分组矩阵搞不清楚
2：此外如果我是直接下载的

GSE54236_RAW.tar

1.4 Gb

(http)(custom)

TAR (of TXT)

这种数据又该怎么做差异表达分析呢？
我有注意到关键还是要构建表达矩阵 分组矩阵以及差异表达矩阵。目前我只使用CEL文件处理，对于这种txt的处理完全搞不懂

enhe

有没有咧

渊梦无痕

enhe 发表于 2019-2-23 17:44
有没有咧

你可以直接下载表达矩阵，
eSet<- getGEO('GSE10001')
#获得表达矩阵
exprSet=exprs(eSet[[1]])
##实验分组信息获得
pdata=pData(eSet[[1]])