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[R] 记一次R语言实践过程中package安装引起的冲突以及解决办法...

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发表于 2019-2-24 18:19:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 dasunjie6 于 2019-2-24 18:23 编辑

记一次R语言实践过程中package安装引起的冲突以及解决办法(历时一天半)

最初是安装Y叔的clusterprifile


这是用Rstudio安装显示的结果。


>install.packages("clusterProfiler")
Warning in install.packages :
package ‘clusterProfiler’ is not available (for R version 3.5.2)


显示版本不兼容,这里很重要,说明这里有一个审查的机制。代表R中缺少其必须的包的支持。


正确的解决方法是找个这个安装包的旧版本,手动安装,有两个方法,第一个方法我试验成功了,第二个方法,还没来得及实验。(方法附在最后,先讲一下我犯错误的历程)。


曲线救国。转到R中,选择镜像,选择软件库,选择要安装的程序包,绕过审查,安装成功。


Library(clusterProfiler)一下,问题就暴露出来了
> library( "clusterProfiler" )Error: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘DO.db’这个名字的程辑包> install.packages("DO.db")Warning in install.packages :  package ‘DO.db’ is not available (for R version 3.5.2)

继续用R而不是用Rstudio 绕过审查,安装 DO.db 成功。


> library( "clusterProfiler" )Error: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包 同样的问题又出现了,继续用同样的方法如法炮制,如此处理大约十次。
Library(clusterProfiler)成功

> library( "org.Hs.eg.db" )载入需要的程辑包:AnnotationDbiError in value[[3L]](cond) :   Package ‘AnnotationDbi’ version 1.42.1 cannot be unloaded: Error in unloadNamespace(package) : 名字空间‘AnnotationDbi’是由‘genefilter’, ‘DOSE’, ‘clusterProfiler’, ‘enrichplot’, ‘DO.db’, ‘GO.db’, ‘annotate’, ‘geneplotter’, ‘GOSemSim’引进的,因此无法将之卸下


这是怎么回事呢,这就是连锁反应!!!包的版本高低不同,兼容性出现了问题。 解决方法:大力出奇迹把包全部更新,误打误撞成了!!! > library("stringr")Error in value[[3L]](cond) :   Package ‘stringr’ version 1.3.1 cannot be unloaded: Error in unloadNamespace(package) : 名字空间‘stringr’是由‘reshape2’, ‘htmlTable’引进的,因此无法将之卸下

连锁问题第三弹—一步错步步错 解决办法:安装低版本的"stringr",要是一开始就这样做也不用白白折腾1天半了。

方法一:找到 旧版本的安装包


CRAN – Package stringr




选一个合适的版本 格式是 .tar.gz 无法直接安装1.安装Rtools
下载:https://cran.r-project.org/




下载Rtools.exe,安装在c:\Rtools 安装时path打上勾,自动添加路径(自动添加路径,免得自己添加带来不必要的麻烦)。


2.安装stringr_1.3.1.tar.gz(其他包如类似) stringr_1.3.1.tar.gz无法用install.packages()安装 选择所需版本下载,放入到硬盘中。 接下来打开cmd命令窗口 切换路径




Rcmd.exe INSTALL “D:\stringr.tar.gz”


方法二:(我还没来得及试一试,貌似很简单)
# installyesterday's version of checkpoint, by date
install.dates('checkpoint',Sys.Date() - 1)
# installearlier versions of checkpoint and devtools
install.versions(c('checkpoint','devtools'), c('0.3.3', '1.6.1'))




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