搜索
查看: 1215|回复: 4

[其他] 为什么用R语言根据GSE号下载得不到表达矩阵,急求!

[复制链接]

3

主题

5

帖子

62

积分

注册会员

Rank: 2

积分
62
发表于 2019-3-6 20:36:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
有个很急的问题,我根据GSE号GSE35156,我不管是在GEO数据库直接下载Series Matrix File(s)还是在R语言代码下载它的表达矩阵都为空,是怎么回事???
那么这种情况下,我该怎么得到它的表达矩阵


本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复

使用道具 举报

1

主题

7

帖子

185

积分

注册会员

Rank: 2

积分
185
发表于 2019-3-11 19:34:21 | 显示全部楼层
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL11154
GPL11154是高通量测序,不是芯片数据,所以作者没有上传Series Matrix File作为表达矩阵
回复 支持 反对

使用道具 举报

3

主题

5

帖子

62

积分

注册会员

Rank: 2

积分
62
 楼主| 发表于 2019-3-12 17:05:20 | 显示全部楼层
kylinson 发表于 2019-3-11 19:34
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL11154
GPL11154是高通量测序,不是芯片数据,所以 ...

所以我是不是要下载它的原始数据raw_data?然后自己去处理原始数据,最后得到它的Hi-C交互矩阵或者热图?
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

1

帖子

35

积分

新手上路

Rank: 1

积分
35
发表于 2019-4-14 10:12:19 | 显示全部楼层
请问你的问题解决了吗?我现在也是需要这个里面的基因表达数据,IMR90的,但不知道该怎么获取
回复 支持 反对

使用道具 举报

3

主题

5

帖子

62

积分

注册会员

Rank: 2

积分
62
 楼主| 发表于 2019-4-25 21:12:30 | 显示全部楼层
No.4 发表于 2019-4-14 10:12
请问你的问题解决了吗?我现在也是需要这个里面的基因表达数据,IMR90的,但不知道该怎么获取 ...

没有呢,感觉很麻烦,数据量很大,下载就很麻烦,还得自己处理成矩阵
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-9-21 05:12 , Processed in 0.030304 second(s), 24 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.