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[mRNA-seq] 如何从sam文件中提取unique reads

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发表于 2019-3-22 22:19:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教各位,我用hisat2对数据进行mapping后得到了sam文件,需要从中提取unique reads进行下游定量分析,该如何提取unique reads呢?
可以用samtools view -q 根据MAPQ进行过滤吗?如果是的话这个MAPQ值该设为多少呢?
恳请各位大神赐教,非常感谢



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发表于 2019-3-27 15:56:00 | 显示全部楼层
不同的比对软件得到的bam文件,为了得到unique map reads过滤标准稍有差异。这里有人总结了:https://wabi-wiki.scilifelab.se/ ... ads+from+a+BAM+file
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