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求一perl脚本

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发表于 2019-4-17 15:34:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
编程小白,哪位大神帮忙提供碱基序列的GC含量的脚本,不胜感激



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发表于 2019-4-17 22:37:37 | 显示全部楼层
给你这个,计算fa文件GC,gap,和长度的;你看看可以不
[Perl] 纯文本查看 复制代码
use strict;

my $file=shift;
open F,"$file" or die "$!";

$/=">";
<F>;
print "chr\tsize\tN_number\tGC(%)\n";
while(<F>){
        chomp;
        my ($chrName,$seq)=(split /\n/,$_,2)[0,1];
        $seq=~ s/\n//g;
        $seq=uc($seq);
        my $len=length($seq);
        my $gc=($seq=~s/G/G/g + $seq=~ s/C/C/g);
        my $N=$seq=~s/N/N/g;
        my $gc_res=$gc/$len;
        $gc_res=sprintf("%0.2f",$gc_res);
        print "$chrName\t$len\t$N\t$gc_res\n";
}
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 楼主| 发表于 2019-4-19 09:06:15 | 显示全部楼层
我再研究一下,套用到我的文本里,如果有问题再请教您。非常感谢
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