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从6个数据库的ftp站点里面下载人类hg19版本的基因组文件

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发表于 2016-9-1 11:50:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
可以是NCBI,UCSC,ENSEMBL,BROAD INSTITUTE,GENCODE,SANGER。
这是作业,请跟帖回复你找的下载地址,可以是分染色体下载,也可以直接下载整个基因组。





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 楼主| 发表于 2016-9-1 11:52:09 | 显示全部楼层
比如,UCSC里面的下载地址就是:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/g ... Zips/chromFa.tar.gz

或者分开染色体来下载

    for i in $(seq 1 22) X Y M;
    do echo $i;
    wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr${i}.fa.gz;
    ## 这里也可以用NCBI的:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M ... led_Chromosomes/chr前缀
    done
    gunzip *.gz
    for i in $(seq 1 22) X Y M;
    do cat chr${i}.fa >> hg19.fasta;
    done
    rm -fr chr*.fasta
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