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liftover 如何转换一个位点的从hg19到hg38

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发表于 2019-6-6 23:02:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 likuo 于 2019-6-6 23:04 编辑

我想批量转换一个位点的物理位置从hg19 到hg38,因为后面还有其他的信息所以不能用chr1:100-101这种方式转换。我刚开始打算是用 bed文件格式,但是我用 chr1   100    100 ,这种方式的时候因为前后的物理位置的一样的,liftover不能转换成功。
后来我想到用chr1 100 101, 这种方式转换。但是还有一部分转换不成功,剩下的部分用chr1  99  100会转换成功。比如chr1    267719  267719 这个物理位置,不知道这是为什么,有没有统一的方法可以直接转换成功。

后面的图不知道怎么删除,和问题无关。

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 楼主| 发表于 2019-6-7 10:09:11 | 显示全部楼层
有大神能给解决吗?
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