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微生物组学研究及循证医学Meta分析

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发表于 2019-6-11 11:31:22 | 显示全部楼层 |阅读模式

微生物组学研究
课程简介如下:
一、微生物学研究方法进展及新方法发展趋势
1 微生物学研究方法进展及新方法发展趋势
1.1 PCR 扩增技术; DGGE 技术; 末端限制性片段多态性分析技术(T-RFLP)
1.2 荧光原位杂交技术(FISH); 基因芯片技术; 克隆文库技术
1.3 高通量测序技术;
二、微生物基因组学数据分析流程和结果展示(以临床分离的病原菌为例)
2  微生物基因组学数据分析流程
2.1 原始数据评估(fastq格式、fastqc质控:低质量;PCR重复;接头序列解读)
2.2 基因组拼接、画图(拼接原理、主要输出结果:contigs; scaffolds、图形展示:CGview,OGDRAW等)
2.3 功能注释 (KEGG代谢富集分析、COG功能分析、islandviewer基因组岛预测、CARD/resfinder耐药基因预测等)
2.4 进化树分析 (blast配对比对、clustalw多序列比对、MEGA进化树构建、evolview进化树注释)
2.5 多菌株泛基因组分析 (PanGP泛基因组绘图)
三、微生物单菌基因组、单菌转录组研究技术
3  单菌基因组及转录组研究
3.1 单菌基因组及转录组学实验设计、研究思路及 SCI 论文撰写思路
3.2 细菌转录组实验设计
mRNA 提取,cDNA 合成,测序文库构建,文库质量检测,上机测序
3.3 细菌转录组数据分析流程
原始数处理、过滤及质量评估,高质量序列获取,参考基因组比对分析、基因表达量分析,基因表达量标准化
3.4 细菌转录组基因功能注释
DESeq2基因表达差异分析、Pheatmap 差异表达基因双向聚类分析,差异表达基因GO、KEGG 富集分析
四、微生物宏基因组研究技术
4  微生物宏基因组研究技术
4.1 宏基因组学概念、原理及实验设计、研究思路及 SCI 论文撰写思路
4.2 微生物宏基因组总 DNA 提取、目标片段 PCR 扩增、产物回收、产物质量 评估、测序文库制备
4.3 微生物宏基因组数据分析流程
肠道微生物、土壤微生物、水环境微生物、人体皮肤微生物等案例
5  微生物宏基因组学16S数据分析
5.1 Virtual box 及QIIME2 安装
5.2 Linux基本命令讲解及上机操作
5.3 微生物宏基因组学16S数据分析流程(QIIME2):
5.3.1 数据导入及多样本16S测序数据拆分
5.3.2 质量控制及去低质量处理
5.3.3 生成代表序列及feature丰度信息表
5.3.4 进化树构建
5.3.5 alpha多样性稀疏曲线可视化及beta 多样性三维图像可视化
5.3.6  alpha多样性(shannon指数、进化多样性指数、observed otus、均匀度指数等)及beta多样性(unweighted unifrac、bray curtis等)差异分析
5.3.7 物种注释及物种丰度barplot展示
5.3.8 利用ANCOM进行差异feature筛选
5.3.9 利用ANCOM进行差异菌群筛选
五、文献解读及案例解析 6  文献解读
药物处理细菌转录组的文章分析流程和套路
7  实例展示
以大肠杆菌在药物处理前后RNA-Seq 数据为例,学习微生物转录组的分析方式和流程
7.1 RNA-Seq 实验流程
7.1.1 样本采集、生物学重复选择与否
7.1.2  mRNA 提取、cDNA 合成,测序文库构建,文库质量检测,上机测序
7.2 微生物转录组学数据分析和结果展示
时间地点:2019年7月12日——7月15日    北京
(时间安排:第1天报到,授课3天)
报名费用: 每人¥3900元(含报名费、培训费、资料费),食宿费用自理。
6月20号之前报名汇款可享受优惠 300元,名额有限
联系方式:科宇老师  13520456594   QQ1446084643


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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
优惠名额有限,需要的抓紧时间联系了
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 楼主| 发表于 昨天 11:12 | 显示全部楼层
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