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手把手教你怎么做一个简单的系统发育分析

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发表于 2016-10-2 10:41:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 shuboy 于 2016-10-2 12:35 编辑

国庆节第二天,没去溜达,在办公室不知道干嘛,把我之前整理的一个小流程分享给大家看看,我自己也不是很专业,可能有遗漏的,大神看看有什么问题,欢迎指正!这个对入门应该有帮助,毕竟我就是这么学过来的。《文件太大,上传不了,给大家截图吧》《多图预警:为什么要截图,首先直观,再者,我很懒,但是上传不了
咳咳~~~确定版权,纯手工制作,这样更会暴露问题,希望大家多提意见哦!

言归正传!!!
首先。。。我还是按步骤来吧》》》

1.获得目标序列
这一步就不用我多说了,提DNA,扩PCR,得到产物去测序吧!
2.对测序数据拼接校正(下面我要开始截图了)
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3.序列比对,校正

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4.构建系统发育树

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注意咯###
以上都是一些简单是使用,大家要深入还是需要需要看文献,理解方法原理。





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“Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution”  --Theodosius Dobzhansky
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发表于 2017-4-11 13:57:46 | 显示全部楼层
总结一下贴主的过程
1.seqman拼接
2.bioeditor比对
3.mega画树
其实可以简化一下,seqman好像有导出为.seq还是.fasta吧,把这个序列放到mega里面也可以比对。
当然如果比对序列多(好几百好几千),单纯的bioeditor或者mega就很慢了,可以考虑用MAFFT,速度超级快。
后期做树还可以用beast什么的,有点复杂,一起学习。
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发表于 2016-10-26 16:04:13 | 显示全部楼层
楼主你太可爱啦!
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 楼主| 发表于 2016-10-26 17:10:17 | 显示全部楼层


来,带你一起可爱
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发表于 2017-2-19 22:00:37 | 显示全部楼层
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 楼主| 发表于 2017-3-14 22:01:31 | 显示全部楼层
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发表于 2017-3-26 16:09:32 | 显示全部楼层
正好老板给的作业就是做一个系统发育树,正好懵逼呢,不过数据是从ncbi下的现成的
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 楼主| 发表于 2017-5-11 14:45:43 | 显示全部楼层
老舅妈沙特人 发表于 2017-4-11 13:57
总结一下贴主的过程
1.seqman拼接
2.bioeditor比对

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