搜索
查看: 7701|回复: 6

问题待解决4-如何使用TCGA数据库做生存分析?

[复制链接]

23

主题

62

帖子

484

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
484
发表于 2016-10-6 10:54:42 | 显示全部楼层 |阅读模式
20170227
再回头看看提出的这些问题,
依然是我关心的问题,好在,我马上就要来处理了。


我看到有的公司做一个基因的生存分析要收2000块呢,
同时我也看到健明已经发了相关的帖子,
而我们要做的就是,把他变成自己的,我还在整理的路上。
看到的最早的资料是在BioStar上,手把手的那种。
Tutorial: Survival analysis of TCGA patients integrating gene expression (RNASeq) data
链接是这个
https://www.biostars.org/p/153013/
先学习吧,活生生要成为百万富翁的节奏,不不不,是千万富翁,
2万个基因*2000RMB/个*肿瘤的类别,哈哈。

好了坛友解释Jimmy的帖子
http://www.biotrainee.com/thread-966-1-1.html




上一篇:问题待解决3-有哪些拿来就用的生存分析数据库?
下一篇:问题待解决5-有哪些拿来就用的转录调控数据库?
回复

使用道具 举报

0

主题

2

帖子

40

积分

新手上路

Rank: 1

积分
40
发表于 2016-10-15 16:28:00 | 显示全部楼层
菜鸟学了一段时间生存,感觉还是比较凌乱。biostars上得代码也跑了一次,但是感觉太复杂了。比如我只想看某个基因高低表达和生存的关系,但是愣是被绕晕了。可以指点一二么?
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

5

帖子

38

积分

新手上路

Rank: 1

积分
38
发表于 2017-1-15 00:16:58 | 显示全部楼层
王小憨 发表于 2016-10-15 16:28
菜鸟学了一段时间生存,感觉还是比较凌乱。biostars上得代码也跑了一次,但是感觉太复杂了。比如我只想看某 ...

你只看一个基因的高低表达和生存的关系的话根本就用不着R语言,使用一般的统计软件就行,下载TCGA的表达数据跟临床数据,找到你需要的基因,根据表达值分为高表达和低表达组,结合临床数据中的生存时间和事件发生情况,就可以做两组的生存分析了。
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

5

帖子

75

积分

注册会员

Rank: 2

积分
75
发表于 2017-2-15 23:05:31 | 显示全部楼层
没有正常样本,怎么区分高表达组和低表达组呢?今天和一个老师交流了一下,他说直接进行排序,然后取表达数值最高的前50个为一组,最低的50个为一个组,进行分析?这样可靠吗?新手,不甚理解。
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

5

帖子

75

积分

注册会员

Rank: 2

积分
75
发表于 2017-2-15 23:06:17 | 显示全部楼层
春风化雨 发表于 2017-1-15 00:16
你只看一个基因的高低表达和生存的关系的话根本就用不着R语言,使用一般的统计软件就行,下载TCGA的表达 ...


没有正常样本,怎么区分高表达组和低表达组呢?今天和一个老师交流了一下,他说直接进行排序,然后取表达数值最高的前50个为一组,最低的50个为一个组,进行分析?这样可靠吗?新手,不甚理解。
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

5

帖子

38

积分

新手上路

Rank: 1

积分
38
发表于 2017-2-19 23:00:24 | 显示全部楼层
tangtang 发表于 2017-2-15 23:06
没有正常样本,怎么区分高表达组和低表达组呢?今天和一个老师交流了一下,他说直接进行排序,然后取表 ...

你这样只取前50个就浪费了,没有全部利用好TCGA的样本量。我个人觉得怎么分组你可以自己定义,比如将表达值排序,然后找到中位值,定义表达超过中位值的为高表达组,低于中位值的为低表达组,然后再进行生存分析。
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

29

帖子

259

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
259
发表于 2017-3-1 10:15:09 | 显示全部楼层
紧跟此贴步伐,学习TCGA
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2019-5-26 16:05 , Processed in 0.040144 second(s), 31 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.