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问题待解决5-有哪些拿来就用的转录调控数据库?

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发表于 2016-10-6 11:02:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
转录调控可能大部分研究人员都会碰到的机制研究,
这方面的数据库就显得尤为重要,
我们的需求有这些:
1.如何方便快捷地找到基因的启动子区域?
2.启动子上有哪些转录因子结合位点?
3.肿瘤研究中有哪些已经确定有功能的转录因子,这样我就可以研究了?
4.已知转录因子如何知道他可能的靶基因?进一步,在各个细胞中是怎么样的呢?
5.基因的转录起始点如何预测?
6.启动子区域的甲基化,乙酰化如何预测呢?




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发表于 2016-10-19 17:22:25 | 显示全部楼层
1、基因的启动子区域可以在UCSC数据库下载
2、启动子上的转录因子结合位点是可以在UCSC上下载的
4、对于转录因子的靶基因获得可以通过两个方法:
a、在数据库中下载转录因子靶基因的靶向关系(TRRUST数据库、TRANSFAC数据库等等)
b、根据chip-seq数据的peak进行预测转录因子与基因的结合关系(具体怎么做有很多文献啦 不同的文献也不一样啦)
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