【菜鸟Python练习1】[ROSALIND-DNA] 计算DNA中每种核苷酸的数目

bioinfo.dong

发现用Python的小伙伴有不少，开个帖刷下ROSALIND中Bioinfomatics stronghold的题目，欢迎讨论交流。
【1】Counting DNA Nucleotides (计算DNA序列中每种核苷酸的数目）

[Python] 纯文本查看 复制代码

### 1. Counting DNA Nucleotides ###

seq = ''
ntCounts = []
with open('/Users/DONG/Downloads/rosalind_dna.txt') as f:
    for line in f:
        line = line.rstrip()
        seq += line.upper()
        
for nt in ['A','C','G','T']:
    ntCounts.append(seq.count(nt))

print ('\t'.join(map(str, ntCounts)))

帅帅

帅帅 发表于 2017-2-23 09:51
刚研究完直播的第一题，看到版主的python刷题，按照直播第一题的思维做了一下
import csv
file='DNA Nucleo ...

with open('DNA Nucleotides.txt','r')as f:
    for a in f:
        b=list(str(a))
        c={}
        for d in b:
            c[d]=b.count(d)
print(c)
精简了一下代码 结果如下
{'A': 20, 'G': 17, 'C': 12, 'T': 21}

disil

[Python] 纯文本查看 复制代码

s='AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC'
d={}
for i in set(list(s)):
    d[i]=s.count(i)
d

xuehzh95

我刷题卡在卡特兰数和rna二级结构了。。。

bioinfo.dong

xuehzh95 发表于 2016-10-10 17:28
我刷题卡在卡特兰数和rna二级结构了。。。

已经做好的题目可以按照【菜鸟Python练习n】的格式分享下去啊，哈哈，我直接跟你的帖就行了~

bioxin

ROSALIND好东西，收藏学习了

cyzwll

学习学习@！！！

帅帅

刚研究完直播的第一题，看到版主的python刷题，按照直播第一题的思维做了一下
import csv
file='DNA Nucleotides.txt'
with open(file,'r')as f:
    f1=csv.reader(f,delimiter='\t')
    for a in f1:
        b=list(str(a))
        c={}
        for d in b:
            c[d]=b.count(d)
    print(c)
            
结果如下：
{'[': 1, "'": 2, 'A': 20, 'G': 17, 'C': 12, 'T': 21, ']': 1}
不尽人意，但是总算有点结果 还是很高兴，继续完善一下再跟帖。
我txt的内容如下

tsznxx

解法1：

[Python] 纯文本查看 复制代码

cnts = {c:0 for c in 'ATCG'}
for line in open("test.txt"):
  for c in line.rstrip():
    cnts[c] += 1
print cnts

解法2：

[Python] 纯文本查看 复制代码

from collections import Counter
print Counter(open('test.txt').read())

帅帅

帅帅 发表于 2017-2-23 10:47
with open('DNA Nucleotides.txt','r')as f:
    for a in f:
        b=list(str(a))

最后精简一次代码：
with open('DNA Nucleotides.txt','r')as f:
    for a in f:
        for nt in ['A','C','G','T']:
            print(a.count(nt),end='  ')
结果：
20  12  17  21  

xotong

算是第一次写代码：

[Python] 纯文本查看 复制代码

with open('/Users/Administrator/Desktop/test/rosalind_dna.txt','r') as f:
    for line in f:
        line = line.rstrip()
        l = list(line)
        l = line.upper()
        for nt in ['A','C','G','T']:
            a = l.count(nt)
            a = str(a)
            print(nt+':'+a,end='\t')
        print('\n')

基本都不懂，看了好几个人做的，综合了一下，运行了出来，以后还要不断提高
A:20        C:12        G:17        T:21