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【菜鸟Python练习2】[ROSALIND-RNA] 将DNA序列转换为RNA序列

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发表于 2016-10-10 12:06:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 bioinfo.dong 于 2016-10-13 03:24 编辑

【2】 Transcribing DNA into RNA (将DNA序列转化成RNA序列)
* 可以用Python的built-in function <string.replace()>
* 也可以趁机了解一下Python的regular expression(正则表达式)

Screenshot from 2016-10-12 12-23-53.png


[Python] 纯文本查看 复制代码
### 2. Transcribing DNA into RNA ###
import re

dnaSeq = ''
with open('/Users/DONG/Downloads/rosalind_rna.txt') as f:
    for line in f:
        line = line.rstrip()
        dnaSeq += line.upper()

rnaSeq1 = re.sub('T','U',dnaSeq)
rnaSeq2 = dnaSeq.replace('T','U')

print (rnaSeq1)
print (rnaSeq2)






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发表于 2017-10-10 09:55:26 | 显示全部楼层
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[python]
[Python] 纯文本查看 复制代码
import re

with open('test.txt') as f:
    for line in f:
        line = line.strip()
        RnaSeq = re.sub(r'T','U',line)

print(RnaSeq)

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发表于 2017-3-1 14:36:36 | 显示全部楼层
普通方法:
with open('DNA Nucleotides.txt') as f:
    for a in f:
        print(a.replace('T','U'))
正则表达式:
import re
with open('DNA Nucleotides.txt')as f:
    for a in f:
        b=re.sub('T','U',a)
print(b)
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发表于 2017-10-17 11:29:20 | 显示全部楼层
cat req.txt
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC
1. sed s/T/U/g req.txt

2.with open ('req.txt') as f:
        for i in f:
                seq=str(i)
print (seq)
print(seq.replace('T','U'))

3.对于Python的正则 re ,完全不懂
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发表于 2017-11-15 21:26:16 | 显示全部楼层
Python的替换函数——strip(),replace()和re.sub()
http://blog.csdn.net/zcmlimi/article/details/47709049
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发表于 2020-6-3 10:50:38 | 显示全部楼层
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
seq_dna = Seq('GATGGAACTTGACTACGTAAATT', IUPAC.unambiguous_dna)
seq_rna = seq_dna.transcribe()
print(seq_rna)
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发表于 2021-2-6 16:10:52 | 显示全部楼层
from Bio.Seq import Seq

def main():
    seq1 = 'GATGGAACTTGACTACGTAAATT'
    rna1 = Seq(seq1).transcribe()
    print(rna1)


if __name__ == '__main__':
    main()
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