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【Panda姐-perl练习题10】统计read数、碱基数、最长的read、最...

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发表于 2016-9-1 16:39:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Panda姐 于 2016-9-1 16:41 编辑

题目:
编写perl脚本,用于fastq、fasta格式文件的read数、碱基数、最长的read、最短的read及平均read长度的统计。

代码记录:
[Perl] 纯文本查看 复制代码
# 用于fastq格式文件的read数、碱基数、最长的read、最短的read及平均read长度
perl -ne 'BEGIN{$min=1e10;$max=0;}next if ($.%4);chomp;$read_count++;$cur_length=length($_);$total_length+=$cur_length;$min=$min>$cur_length?$cur_length:$min;$max=$max<$cur_length?$cur_length:$max;END{print qq{Totally $read_count reads\nTotally $total_length bases\nMAX length is $max bp\nMIN length is $min bp \nMean length is },$total_length/$read_count,qq{ bp\n}}' input.fq

# 用于fasta格式文件的read数、碱基数、最长的read、最短的read及平均read长度
perl -ne 'BEGIN{$min=1e10;$max=0;}next if ($.%2);chomp;$read_count++;$cur_length=length($_);$total_length+=$cur_length;$min=$min>$cur_length?$cur_length:$min;$max=$max<$cur_length?$cur_length:$max;END{print qq{Totally $read_count reads\nTotally $total_length bases\nMAX length is $max bp\nMIN length is $min bp \nMean length is },$total_length/$read_count,qq{ bp\n}}' input.fa





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发表于 2016-9-1 17:07:07 | 显示全部楼层
一行代码搞定所有的功能,perl单行命令你值得拥有!
ps:如果这也能算是一行代码的话
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-9-8 10:10:27 | 显示全部楼层
看不懂这个一行的,sad,然而还是非常感谢啦
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