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楼主: bioinfo.dong

【菜鸟Python练习3】[ROSALIND-REVC] 获取反向互补序列

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发表于 2017-2-22 00:39:51 | 显示全部楼层
其实python里有专门做这个事情的函数,和shell里的tr功能一样。
import string
transtable = string.maketrans('ATCG','TAGC')
seq = "CCTACGTACGTAGCTATCTACTACGGTCA"
print seq.translate(transtable)[::-1]

输出为:
TGACCGTAGTAGATAGCTACGTACGTAGG
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发表于 2017-4-7 11:32:42 | 显示全部楼层
def reverse_complement(seq):
    list2=[]
    dict={'A':'U','C':'G','G':'C','T':'A'}
    base=list(seq)
    for k in base:
        list2.append(dict[k])
    sequence=''.join(list2)
    return sequence
            

seq=''
with open('a.txt','r') as f:
    for line in f:
        arr=line.strip('\n')
        seq+=arr
print(reverse_complement(seq))
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发表于 2017-4-7 11:40:16 | 显示全部楼层
帅帅 发表于 2017-4-7 11:32
def reverse_complement(seq):
    list2=[]
    dict={'A':'U','C':'G','G':'C','T':'A'}

楼主的思路很棒,受教了 谢谢楼主。
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发表于 2017-6-20 12:01:31 | 显示全部楼层
对于没有空格的序列可以这样.....还应该考虑空格的问题...
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发表于 2017-10-10 10:51:31 | 显示全部楼层
打卡,学习到了slice和maketrans函数以及reverse的用法
[Python] 纯文本查看 复制代码
import string

with open('test.txt') as forDna:
    transDna = str.maketrans('ATCG', 'TAGC')
    for line in forDna:
        line = line.strip()
        line = line.replace(' ','')
        line = line[::-1]
    RevDna = line.translate(transDna)
print(RevDna)
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发表于 2018-5-9 16:04:52 | 显示全部楼层
不是有biopython吗~大家怎么都不用啊

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发表于 2018-11-27 12:20:27 | 显示全部楼层
python:
import re
str="AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC"
str1=list(reversed(str))
str2 = ''.join(str1)
table = ''.maketrans("ATCG","UAGC")
str3=str2.translate(table)
print(str3)
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