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基因组高通量测序与测序后期数据分析学习方法

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发表于 2016-10-11 10:33:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
一、生物信息学介绍与前沿技术动态
序列的比对       
1、全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer
2、局部比对  Blast, Sim4,Genewise
3、序列比对算法分析

二、基因组/基因注释分析       
1、新一代测序技术原理和数据处理介绍
2、基因组拼接与组装
基因组de novo组装方法
重复序列分析技术
3、 RNA分析
tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA
RNA干扰,SiRNA预测技术
4、基因预测
原核:Glimmer,真核:Genescan, Augustus
5、 基因功能注释及常用的数据库介绍

三、基因组学研究概述
1、structural genomics: 结构基因组学
2、functional genomics: 功能基因组学
3、Drug discovery: 药物研发
4、Personalized medicine:个性化、精细医疗

四、DNA测序技术-转录组分析的进化       
1、第一代测序技术:Sanger测序原理
2、第二代测序技术:Illumina,454, Ion Torrent原理
3、第三代测序技术:PacBio, Hellicos原理
4、第四代测序技术:        Oxford NanoPore原理
5、其他技术Hybridization based methods (NabSys)

五、Experimental   procedure for transcriptomic analysis       
Introduction
Number of duplications
Sequencing coverage
Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)
Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)
IsoSeq Experimental design

六、Data analysis  (part 1):data pre-processing
evaluation of data quality 数据分析
Data format,fasta,fastq,quality value,gff3 Data cleanup
Quality filter, trimmer, clipper

七、Data analysis (part 2):reference free analyses(无参转录组分析)        Gene discovery
Trinity de novo transcriptome assembly
Analysis of Differential Expressed Gene (DEGs)
Abundance estimation using RSEM
Differential expression analysis using EdgeR
Explore the results (cummerbund)
MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)
hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.


联系人:张建国     电话:131 2696 6869    QQ:3173746463
培训地点:南京
时间:2016.11.3——11.7
主办单位:中国科学院计算技术研究所
联系电话/传真: 010-58032566     邮箱:zkyjsjs@vip.126.com
监督电话:010-82629244       监督邮箱:ec-ttc@ict.ac.cn
官方网址:  http://ec.ict-ttc.com




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