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【菜鸟Python练习6】[ROSALIND-HAMM] 计算点突变数目

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发表于 2016-10-11 13:13:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 bioinfo.dong 于 2016-10-13 03:30 编辑

【6】Counting Point Mutations
题目非常straightforward。说实话这是第一次使用readlines()将序列读进variable。通常我们处理的数据文件都是非常大的,如果一次性将文件读入会占用非常多的内存,所以一般做法都是按行读取。作业里序列不长,可以用readlines()一次性读入。



[Python] 纯文本查看 复制代码
### Counting Point Mutations ###
fh = open('/Users/DONG/Downloads/rosalind_hamm.txt', 'rt')
seq = fh.readlines()
      
a,b = seq[0].strip(),seq[1].strip()    
hammingDistance = 0

for i in range(len(a)):
    if a[i] != b[i]:
        hammingDistance += 1
        
print (hammingDistance)









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发表于 2016-10-11 15:15:33 | 显示全部楼层
题目描述很不清楚,建议重新整理发帖输入数据部分
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发表于 2016-10-11 16:14:45 | 显示全部楼层
原题是这样的,我发一个图片的形式,大伙看的清楚一点。

dH(s,t)相当于突变的个数(即本题中,2个序列中不同的位数有几个)
————————————————————————————————————
以下是我的python代码,我稍微偷懒了一下,没有读取文件,直接用raw_input()来做了。
[Python] 纯文本查看 复制代码
sa = raw_input('string1')
sb = raw_input('string2')
c = 0
for i in range(len(sa)):
    if sa[i] != sb[i]:
        c = c + 1
print c


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 楼主| 发表于 2016-10-12 01:25:55 | 显示全部楼层
xuehzh95 发表于 2016-10-11 16:14
原题是这样的,我发一个图片的形式,大伙看的清楚一点。

dH(s,t)相当于突变的个数(即本题中,2个序列中 ...

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发表于 2016-10-12 09:59:06 | 显示全部楼层
dongye 发表于 2016-10-11 15:15
题目描述很不清楚,建议重新整理发帖输入数据部分

是呀,刚开始看的时候云里雾里的,就直接上代码了
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 楼主| 发表于 2016-10-12 10:12:24 | 显示全部楼层
jasonxu 发表于 2016-10-12 09:59
是呀,刚开始看的时候云里雾里的,就直接上代码了

不好意思啊,之前copy paste格式总出问题,以后我就直接截图好了~
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发表于 2017-10-12 09:23:29 | 显示全部楼层
打卡
昨天看了一整天shell
今天就把python全忘了

还要加倍努力。
这道题代码和楼主基本一致,就不发了,都是个人习惯的差别,不影响解题思路
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