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楼主: bioinfo.dong

【菜鸟Python练习10】[ROSALIND-CONS] Consensus and Profile

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发表于 2017-12-19 10:42:34 | 显示全部楼层
python的就没有了么。。。哈哈
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发表于 2018-3-26 21:34:28 | 显示全部楼层
本帖最后由 qjy543 于 2018-3-27 13:26 编辑
学习最快乐 发表于 2017-5-12 16:34
### 10. Consensus and Profile ###
按我自己的理解翻译一下:
如果只找一条链的同源,拿这条链去跟别的链 ...

第24行代码有误 ,应为seq +=rosalind[k]【i】
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发表于 2018-4-25 23:17:41 | 显示全部楼层
学习最快乐 发表于 2017-5-12 16:34
### 10. Consensus and Profile ###
按我自己的理解翻译一下:
如果只找一条链的同源,拿这条链去跟别的链 ...

python小白~~请问  counts.most_common()[0][0] 中的[0][0]怎么理解呢?
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发表于 2018-4-25 23:19:39 | 显示全部楼层
学习最快乐 发表于 2017-5-12 16:34
### 10. Consensus and Profile ###
按我自己的理解翻译一下:
如果只找一条链的同源,拿这条链去跟别的链 ...

如果只是返回列表的第一个元素的话,为什么不可以写成  counts.most_common()[0]
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发表于 2018-11-28 15:29:42 | 显示全部楼层
import sys
import re
import numpy as np
import os
from collections import Counter
args=sys.argv

seq={}
fp=open("sample.txt","r")
for line in fp:
  if line.startswith('>'):
    lines=line.strip('\n')
    name=lines[1:]
  else:
    lines=line.strip('\n')
    nseq=lines
    seq[name]=nseq
    i=len(nseq)

k=len(seq)

a=[]
for n in seq.values():
        n=list(n)
        a.append(n)

matrix=np.matrix(a)

comseq=''
A,T,C,G=[],[],[],[]
for c in range(0,i):
        col=[x[c] for x in a]
        A.append(col.count('A'))
        T.append(col.count('T'))
        C.append(col.count('C'))
        G.append(col.count('G'))
        comseq=comseq+Counter(col).most_common()[0][0] #第0列表第0个元素

print (comseq)
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