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学会mysql数据库常见操作

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发表于 2016-10-15 17:14:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
本质是就是增删改查,大部分交互性的网页,包括论坛都是与背后的数据库互动而已。
先去我博客看一看扫盲贴:http://www.bio-info-trainee.com/?s=mysql
再看这个视频:链接:http://pan.baidu.com/s/1bGyU2U 密码:5pnz  ,但是不要把视频给看完了,那个是给程序猿看的,我们生物信息学工程师应该抓住重点,就是增删改查,网页接口,明白网页是如何进行查询的,背后的数据库机理是什么。
下面是实践作业:
在自己电脑上面安装wamp/lamp,这样就有mysql数据库啦,用户名和密码记牢哈。然后下载的 http://biocc.hrbmu.edu.cn/GPA/jumpDownloadAction 数据,在自己的电脑说明建立表格(需要根据下载的数据来建立合适的表格),写入数据,然后在上面做 增删改查的练习,模仿 它那个网页查询功能,本质就是 增删改查的语句。
检索你感兴趣的基因是否被做过perturbation实验?
检索你感兴趣的基因会被什么样的实验给显著影响
在自己电脑的数据库里面,一个查询语句就可以实现啦,完全不需要用别人的网页工具了。




上一篇:使用可视化工具MutationMapper来看看基因上面突变的分布
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发表于 2016-10-19 22:55:14 | 显示全部楼层
本帖最后由 xuehzh95 于 2016-10-19 23:07 编辑

这学期因为学院又请了新的一位电信老师把我们之前学过的Microsoft sql server又教我们一遍,个人觉得浪费资源,上课也容易睡着,于是乎去图书馆借了一本600页厚的mysql教程自己学,因为之前就熟悉sql各种操作,几天就上手了基本的操作了。
正巧看到群主这个帖子就试了一下,用了下面那个代码,然后show了一下databases,tables,describe了一下具体table,感觉太方便了!!!!
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
mysql -h database.nencki-genomics.org -u public


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发表于 2017-2-4 11:19:18 | 显示全部楼层
谢谢楼主,任重道远啊!
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发表于 2017-2-8 11:46:45 | 显示全部楼层
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 楼主| 发表于 2017-3-20 23:41:07 | 显示全部楼层
比如UCSC的mysql数据库,里面非常丰富的资料
可以自己建立网页,然后就摘取这个资料即可:
https://genome.ucsc.edu/goldenpath/gbdDescriptionsOld.html
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