在线构建进化树：PhyML

shuboy

系统发育分析中构建进化树的方法有很多，最常见的就是NJ，MP，ML，BI；
这次介绍的网络版工具是PhyML，一看就知道是做ML分析的。
第一部分就是ML方法的参考文献，也就是说，你在这构建的进化树，如果发表的话，应该引用它。

接下来就是功能区：
首先是输入文件，注意：这个文件一定要是Phylip格式！其它选项就看你文件的内容了。

其次就是模型选择和搜索树的策略，这些一般先默认，后续深入再进行调整。

最后就是检验树的方法，看支持率。一般都用Perform bootstrap，100 或者 1000 都可以。

然后写上你分析的名字和你接收结果的邮箱。
这个非常好用，一般样品量少的话，一会就会返回结果，多的话一般一周之内都会有结果。比自己在本地使用PhyML方便多了！！！

张翼翔

http://sequenceconversion.bugaco ... fasta_to_phylip.php
fasta转换成什么格式（phylip），数据类型，然后选择文件提交就好了，纯网页操作。构建进化树。

橙子

优秀