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在线构建进化树:PhyML

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发表于 2016-10-19 09:46:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 shuboy 于 2016-10-19 09:46 编辑

系统发育分析中构建进化树的方法有很多,最常见的就是NJ,MP,ML,BI;
这次介绍的网络版工具是PhyML,一看就知道是做ML分析的。
第一部分就是ML方法的参考文献,也就是说,你在这构建的进化树,如果发表的话,应该引用它。
1.png
接下来就是功能区:
首先是输入文件,注意:这个文件一定要是Phylip格式!其它选项就看你文件的内容了。
2.png
其次就是模型选择和搜索树的策略,这些一般先默认,后续深入再进行调整。
3.png
最后就是检验树的方法,看支持率。一般都用Perform bootstrap,100 或者 1000 都可以。
4.png
然后写上你分析的名字和你接收结果的邮箱。
这个非常好用,一般样品量少的话,一会就会返回结果,多的话一般一周之内都会有结果。比自己在本地使用PhyML方便多了!!!




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发表于 2017-4-24 21:43:16 | 显示全部楼层
http://sequenceconversion.bugaco ... fasta_to_phylip.php
fasta转换成什么格式(phylip),数据类型,然后选择文件提交就好了,纯网页操作。构建进化树。
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发表于 2019-11-25 19:36:07 | 显示全部楼层
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