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来一个转录组de novo实战吧

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发表于 2016-10-22 11:38:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
这个对服务器要求有点高!
数据在SRA database with the accession numbers 可以下载:
SRX1389337 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX1389337) for day 0 control,
SRX1389392 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX1389392) for day 3 longevity experiment, and
SRX1389395 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX1389395) for day 3 chitin-treatment experiment.
或者: SRX1400303 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX1400303) for day 0 control,
SRX1400308 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX1400308) for day 3 longevity experiment, and
SRX1400311 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX1400311) for day 3 fluid protein depletion experiment.


可能需要参考帖子:
转录组 de novo流程–包括转录本完整注释

Trinity进行转录组组装的使用说明

转录组-TransDecoder-对trinity结果进行注释

参考文献: http://www.bio-info-trainee.com/1889.html




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你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2016-12-11 17:58:36 | 显示全部楼层
楼主您好,我想请问一下我现在有一个物种的raw reads,是按照器官分类的,其中一个器官有单端的也有双端的,在Trinity的时候,我是应该将所有的单端并行组装成一个fasta,所有双端的并行组装成一个fasta吗?
感谢
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