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生信菜鸟团的自制视频教程

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发表于 2016-10-22 11:41:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
虽然优酷比较坑,但是他的受众多,大家可以去http://i.youku.com/trainee 上面找到我的全部视频,免费观看!
视频列表是http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial/video_list.html ,能顺利点击的链接代表视频录制完毕。
这次视频课程的大纲是http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial/syllabus.htm,但是很有可能会修改!
因为视频教程架构出了点问题,所有不会更新了。现在公布所有下载链接,大家不需要去优酷观看了,太不清晰了,而且还有广告!
我的自频道-优酷视频
视频百度云盘链接:http://pan.baidu.com/s/1jIvwRD8
下面是以前写的大纲,虽然我不做视频了,但是大家可以按照下面的大纲来自学,希望能对你有所帮助!!!
生信菜鸟团-公益视频课程大纲
生物信息数据处理环境搭建
服务器(虚拟机、HPC)
环境变量
软件安装(R,PERL,PYTHON,JAVA,MYSQL)
模块安装(R,PERL,PYTHON)
编辑器
生物信息学习资源介绍
宾夕法尼亚州立大学教授Istvan Albert(Fall 2015, BMMB 852: Applied Bioinformatics)
北大生物信息学公开课
斯坦福大学-计算生物学
斯坦福大学-遗传生物信息
德国柏林自由大学
美国明尼苏达大学生信课件
TCGA的公开课及课件
其它大学网上课件分享
善用Google
善用关键词查综述看文献
百款常用生物信息软件
Web-app: webGO/David/SMS2/ExPaSy/ iPathwayGuide/
Basic: DNAman/bioEDIT/mega/clustalw/blast/blast++/fastqc/SRA-toolkit/SolexaQA/NGS-QC-toolkit/bedtools/circos/cytoscape/Emboss/ cutadapt/fastx/
Snp-calling: BWA/Bowtie2/samtools/picard/GATK/varscan/freebayes/bcftools/annovar/samStat/snpEFF/VEP/
RNA-seq: RseQC/tophat2/STAR/Hisat/htseq/cufflinks/cummedund/edgeR/DeSeq/Trinity/TransDecoder/GMAP
Evolution: muscle/figtree/PhyML/seq2HLA/Plink/
Other: LiftOver/ PICNIC/mutsig/Matlab MCR/tRNAscan-SE/FLASH/igBlast/IGV
R语言软件:GEOquery/affy/limma/ GOstats/ConsensusClusterPlus/SPIA/ seqinr/ AnnotationHub/biostring/ GEOmetadb/biomaRt/ DawnRank
数据处理脚本实例
Perl:snp格式化,coverage,depth,简并碱基,模糊匹配,多重循环,点突变分类,二分法查找,爬虫,mutation上下文,模块,操作excel和pdf,bowtie仿写
R: 进度条,并行计算,T检验,hclust,apply系列函数,批量下载,韦恩图,3D条形图,Go分类图,reshape,dplyr,shinny
Shell:qsub,wget,while, for
国际知名生信数据资源库简介
NCBI
EMBL-EBI
UCSC
sanger Institute
BroadInstitute
TCGA
1000 genome
hapmap
CCLE
物种官网
ENCODE
ExAC 61,486 Exomes
一些国家地区的基因组计划
介绍一些生物信息综合项目
下载NCBI的entriz数据并保存到本地数据库
做一个简单的基因ID转换工具
外显子数据分析
转录组数据分析
芯片数据表达差异分析
功能通路富集分析
数据库api(url)
研究领域细分
癌症
糖尿病
自闭症



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发表于 2016-10-22 14:01:25 | 显示全部楼层
太好了,非常感谢
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发表于 2016-12-8 11:33:19 | 显示全部楼层
好棒~~~~~
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新手上路

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发表于 2016-12-12 10:40:34 | 显示全部楼层
非常感谢
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发表于 2017-1-11 10:38:54 | 显示全部楼层
大神好牛逼, 这么多
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发表于 2017-2-13 09:54:30 | 显示全部楼层
课程好棒好棒,不知道哪些已经录好了,想看啊!
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发表于 2017-2-13 10:15:31 | 显示全部楼层
才看到视频不录了,不过去云盘下载了很多资料,够我慢慢看得了,太感谢了!生信的大神都好无私啊!
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发表于 2017-2-17 23:26:22 | 显示全部楼层
我现在大三,原本做数学建模,对生信只是有兴趣。偶然是你真正把我带入生信这个圈子,让我加群逛论坛。二十天的自学,觉得自己有所成长,也还有很多东西要学。今年考研后,我会真的进入生信这个大家庭里,一起努力。最后想说声谢谢!
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发表于 2017-2-18 15:38:39 | 显示全部楼层
我属于第三种类型,跟着学,努力成为第二种人,谢谢博主提供的资源和努力
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