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生信人必须了解的各种ID表示方式

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发表于 2016-9-1 18:12:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
基础数据ID(entrez ID, Symbol,RefSeq,probeset,PubmedID,OminID,Accnum)
持续跟帖收集中,大家可以根据自己的理解选择性的解释这些ID。
其中GeneCards数据库里面列出了128种数据库ID,虽然很全面,但并非都是重点,希望大家把学习时间花在刀刃上。而且,我觉得大部分人看到了下面这些密密麻麻的ID,肯定是要疯掉的,一般初学者常见的ID转换工具就是DAVID了,但是我比较喜欢用R的各种包来做转换,这样自己知道自己在做什么,也了解ID是如何定义的。
参考:https://www.biostars.org/p/22/







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发表于 2016-9-4 21:06:40 | 显示全部楼层
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发表于 2016-9-5 14:46:05 | 显示全部楼层
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发表于 2016-9-5 15:29:23 | 显示全部楼层
我认为比较常用到的ID还有ENSEMBL的id:ENSG00000000003,Uniprot的id:O43657,KEGG pathway id:hsa01100
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 楼主| 发表于 2016-9-5 20:16:32 | 显示全部楼层
这是一个长期要更新的帖子!
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发表于 2016-9-23 21:56:03 | 显示全部楼层
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发表于 2017-10-15 21:49:55 | 显示全部楼层
图上展示的uniprot entry name 和GO id BP 之间可以相互转换,然鹅uniprot网站上好像并没有前者向后者转换的方式
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