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2 MIT Data Analysis for the Life Sciences 用R进行数据处理

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发表于 2016-9-1 23:41:46 | 显示全部楼层 |阅读模式

R语言的基本概念及统计基础;介绍Bioconductor用于基因组、转录组、芯片数据及DNA甲基化数据处理的例子;
可以利用该教程系统地学习R中的基础统计知识,教程还附带一本书,讲得好,推荐指数四星;

以下是部分课程内容及链接,更多内容请看更贴
PH525xseries - Biomedical Data ScienceLinksand resources
·            R markdown source files
·            ePubversion on Leanpub
·            Linksto the HarvardX class pages
·            Externalresources and books
Chapter 0 - Introduction
·            Introduction [Rmd]
·            Gettingstarted [Rmd]
·            Gettingstarted exercises
·            dplyrintroduction [Rmd]
·            dplyrintroduction exercises
·            Mathematicalnotation [Rmd]
Chapter 1 - Inference
·            Randomvariables [Rmd]
·            Randomvariables exercises
·            Populationsand samples [Rmd]
·            Populationsand samples exercises
·            CLTand t-distribution [Rmd]
·            CLTand t-distribution exercises
·            CLTin practice [Rmd]
·            CLTin practice exercises
·            t-testin practice [Rmd]
·            Confidenceintervals [Rmd]
·            Powercalculations [Rmd]
·            Powercalculations exercises
·            Montecarlo [Rmd]
·            Montecarlo exercises
·            Permutationtests [Rmd]
·            Permutationtests exercises
·            Associationtests [Rmd]
·            Associationtests exercises


MIT(Massachusetts Institute of Technology),中文名称马萨诸塞理工大学,又称麻省理工学院,是美国一所综合性私立大学,位于马萨诸塞州剑桥市。其工程学、计算机科学和生命科学位列2015-16年世界大学学术排名(ARWU)前4名。



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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:03:09 | 显示全部楼层
本帖最后由 happylittlepig 于 2016-9-2 14:06 编辑

Chapter 2 - ExploratoryData Analysis
·            Exploratorydata analysis [Rmd]
·            Plotsto avoid [Rmd]
Chapter 3 - RobustStatistics
·            Robustsummaries [Rmd]
·            Ranktests [Rmd]
·            Robustsummaries exercises
Chapter 4 - Matrix Algebra
·            Matrixnotation [Rmd]
·            Matrixnotation exercises
·            Matrixoperations [Rmd]
·            Matrixoperations exercises
·            Matrixalgebra examples [Rmd]
·            Matrixalgebra examples exercises
Chapter 5 - Linear Models
·            Linearmodels introduction [Rmd]
·            Expressingdesign formula [Rmd]
·            Linearmodels in practice [Rmd]
·            Standarderrors [Rmd]
·            Standarderrors exercises
·            Interactionsand contrasts [Rmd]
·            Collinearity [Rmd]
·            Collinearityexercises
·            QRand regression [Rmd]
·            Linearmodels going further [Rmd]
Chapter 6 - Inference forHigh-Dimensional Data
·            Multipletesting [Rmd]
·            Multipletesting exercises
·            EDAfor high-throughput data [Rmd]
Chapter 7 - StatisticalModeling
·            Modeling [Rmd]
·            Modelingexercises
·            Bayestheorem [Rmd]
·            Bayestheorem exercises
·            Hierarchicalmodels [Rmd]
·            Hierarchicalmodels exercises

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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:05:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 happylittlepig 于 2016-9-2 14:06 编辑

Chapter 8 - Distance andDimension Reduction
·            Distance [Rmd]
·            Distanceexercises
·            PCAmotivation [Rmd]
·            SVD [Rmd]
·            SVDexercises
·            Projections [Rmd]
·            Rotations [Rmd]
·            MDS [Rmd]
·            MDSexercises
·            PCA [Rmd]
Chapter 9 - PracticalMachine Learning
·            Clusteringand heatmaps [Rmd]
·            Clusteringand heatmaps exercises
·            Conditionalexpectation [Rmd]
·            Conditionalexpectation exercises
·            Smoothing [Rmd]
·            Smoothingexercises
·            Machinelearning [Rmd]
·            Crossvalidation [Rmd]
·            Crossvalidationexercises
Chapter 10 - Batch Effects
·            Introductionto batch effects [Rmd]
·            Confounding [Rmd]
·            Confoundingexercises
·            EDAwith PCA [Rmd]
·            EDAwith PCA exercises
·            Adjustingwith linear models [Rmd]
·            Factoranalysis [Rmd]
·            Factoranalysis exercises
·            Adjustingwith factor analysis [Rmd]

525.5x:Introduction to Bioconductor: Annotation and analysisSetup and basics onbiological background (Week 1)
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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:05:54 | 显示全部楼层
Scalable genomic analysis(Week 2)
·            Overviewof BiocParallel usage [Rmd]
Multi-omic data integration(Week 3)Fostering reproducible genome-scaleanalysis (Week 4)

Legacy material from 2015Introduction to Bioconductor
·            TheExpressionSet Container
·            IRangesand GRanges
·            Operatingon GRanges
·            Cheatsheet for genomic annotation
·            NGSread counting
·            Usinglimma
·            GeneSets Analysis
·            GeneSets Analysis in R
RNA-seq data analysis
·            Genomicalignment with STAR
·            Transcriptomealignment with RSEM
·            Differentialexon usage
Variant Discovery andGenotyping
·            Genomevariation from 2014
ChIP-seq data analysis
·            ChIP-seq from 2014
DNA methylation data analysis
·            DNAMethylation Data Analysis

Footnotes for all lectures
·            Footnotes

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