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[variation-calling] 求问如何根据测序数据对引物质量进行评估

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发表于 2016-10-27 22:58:29 | 显示全部楼层 |阅读模式
作为小白加新人,先谢过版里各位大神啦~我原先有20对左右的引物做肿瘤panel,后来又加入设计好的其他20对引物对其他位点进行扩增。这两次设计都没有问题,但是合并后会出现某些位点测序突变结果总为阳性。所以推测是引物设计位点可能有问题如两次有覆盖或者互相影响这类的。现在有用这40对引物做panel测序得到的标准品数据(标准品是已知特定位点上突变是零的样本)。老板让我据此对引物质量哪里有问题的地方进行评估。我对整个思路处于一种比较迷茫的状态,所以想请问大家有什么好的看法吗?个人目前想法如下:
     将结果比对参考基因组,输出vcf突变后筛选出引物位点覆盖区域的那些突变,然后看看引物在这一块有没有问题。(不过有问题的表现是怎么样的,我也还没想通,是有多对引物覆盖?GC比?)事实上标准品只在仅仅7个位点上突变确定是0,哪还有其他33个位点也不能确定是假阳性还是标准品为阳性。


本人才疏学浅,让大家见笑了,还希望能不吝赐教,感激不尽!
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