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Perl处理得到>ID locus=scaffold:start:end:strand换行接序列的fasta文件

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发表于 2016-10-31 10:20:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
   各位小伙伴,有两个输入文件,格式如下:[img]file:///C:\Users\wufeng\AppData\Roaming\Tencent\Users\740680576\QQ\WinTemp\RichOle\I[W79@I7@DID]0~~N$ET1QS.png[/img]
要得到的结果文件格式如下:

要得到的结果文件格式如下:
>Px016979.1 locus=scaffold:start:end:strand
MSPWMKKVFLQCMPKLLMMRRTKYSLPDYDDTFVSNGYTNEL
用Perl应该怎么做????


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发表于 2016-10-31 10:23:32 | 显示全部楼层
看不懂你想干嘛,基因的序列你已经有了,不需要从染色体提取序列了呀?难道只需要把基因改名???
Px~~~~~~~~~就是基因的名字
scaffold就是染色体的名字
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2016-10-31 10:25:57 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-10-31 10:23
看不懂你想干嘛,基因的序列你已经有了,不需要从染色体提取序列了呀?难道只需要把基因改名???
Px~~~~~ ...

其实就是把之前的pep.fasta的ID名字按照gff文件改成>ID locus=scaffold:start:end:strand这种格式。。
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发表于 2016-10-31 10:26:45 | 显示全部楼层
sunshine-girl 发表于 2016-10-31 10:25
其实就是把之前的pep.fasta的ID名字按照gff文件改成>ID locus=scaffold:start:end:strand这种格式。。 ...

只需要改ID呀,不需要提取序列??
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2016-10-31 10:27:40 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-10-31 10:26
只需要改ID呀,不需要提取序列??

把ID改好后换行接序列。
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发表于 2016-10-31 10:30:56 | 显示全部楼层
sunshine-girl 发表于 2016-10-31 10:27
把ID改好后换行接序列。

[Shell] 纯文本查看 复制代码
cat gff P.fasta |perl -alne '{if(/^scaffold/){$h{">$F[5]"}="locus=$F[0]:$F[2]:$F[3]:$F[4]"}else{if(/^>/;){$_.=" $h{$_}"}print }}'
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