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[CHIP-seq] 增强子在特定的细胞系状态下是否是激活的?

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发表于 2016-11-3 16:29:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
前面我们提到ENCODE计划中enhance和promoter的确定:http://www.biotrainee.com/thread-298-1-1.html
里面用H3K4me3 peaks not overlapping with H3K4me1 peaks来确定promoter,然后用H3K4me1 peaks not overlapping with H3K4me3 peaks来定义enhancer,但即使是enhancer,又可以区分为激活与否,比如下面的文章!

就利用到了这个信息,来判断自己做的peaks在这些区域的表现如何!
可以很明显的看到,它是用了H3K27ac这个标记来区分enhancer的激活与否的,来源于2010的一篇PNAS文章:
histone H327Kac separates active from poised enhancers and predicts developmental state !
文章不难理解,就是H3K4me1这个标记确定的enhancer区域,如果与P300这个基因(HAT的一种,功能是使得histone乙酰化)纠缠,那么它附近的gene的表达激活情况会高于那些没有p300的enhancer区域,而且还测试了HAT家族的其它系列基因,有类似情况。

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发表于 2017-10-11 00:43:01 | 显示全部楼层
关于增强子激活需要加上增强子自身转录产生增强子RNA这一步,后者帮助增强子loop到启动子区域。H3K4me1标记是第一步,HAT结合是第二步,H3K27ac修饰是第三步, eRNA transcription是第四步。H3K4me1/H3K27ac是增强子活性的必要而非充分条件, ENCODE 的某些部分现在已经落后于表观遗传的最前沿了。
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