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[alignment] 有关比对软件对于reads多重比对上基因组的问题

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发表于 2016-11-10 10:28:02 | 显示全部楼层 |阅读模式
在reads长度小于50bp的时候,一般选择bowtie进行比对,而reads长度短,其比对时就必然会产生一个reads比对上参考序列多个位置的情况,这个时候我们一般bowtie的参数-m n -a 或者-k n。
但是当reads长度大于50bp的时候,如果想要拿两组数据进行比较,一组长reads ,一组短reads,如果短reads选择了报告最多n个比对信息的参数,那么针对长reads,用bowtie2需不要要加入-k n,或者tophat需要需要加-g n --report-secondary-alignments呢?
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发表于 2016-11-10 14:37:00 | 显示全部楼层
首先纠正一个问题,reads比较短,短于50bp并不意味着multiple mapping情况增多,除非短于25bp,multiple mapping情况主要取决于参考基因组序列上面的复杂度!
如果你想问,该如何提取unique mapping的reads,我可以告诉你~
主要看XS:i和XH:i,最重要的是mapping quality>1
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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