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散点图矩阵

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发表于 2016-11-11 15:21:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 咔吧耀 于 2017-2-13 16:45 编辑

用散点图矩阵显示样本之间的相关性,对于下面的图,导入一个叫”YaleToolkit”的包,用里面的gpairs()函数是最简单的。
[Python] 纯文本查看 复制代码
gpairs(x,upper.pars = list(scatter = "points",conditional = "barcode",mosaic = "mosaic"),lower.pars = list(scatter = "points",conditional = "boxplot",mosaic = "mosaic"),diagonal = "default",outer.margins = list(bottom = unit(2, "lines"),left = unit(2, "lines"),top = unit(2, "lines"),right = unit(2, "lines")),xylim = NULL,outer.labels = NULL, outer.rot = c(0, 90), gap = 0.05,buffer = 0.02, reorder = NULL, cluster.pars = NULL,stat.pars = NULL, scatter.pars = NULL,bwplot.pars = NULL, stripplot.pars = NULL, barcode.pars=NULL,mosaic.pars = NULL,, axis.pars = NULL, diag.pars = NULL,whatis = FALSE)



有任何问题,欢迎来生信菜鸟团 201161227讨论


后续会结合示例演示具体怎么绘制






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