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R语言绘图热图

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发表于 2016-11-11 15:34:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 咔吧耀 于 2017-2-13 16:44 编辑

终于到一个自己比较会的了
一般可以用R的heatmap()函数,或者gplots中的heatmap.2
个人比较喜欢用pheatmap画的图比较美观
[Python] 纯文本查看 复制代码
pheatmap ( gene_expression_data, cluster_rows =F, cluster_cols =F, scale = "row" ,border_color = "white" ,color = colorRampPalette ( rev ( c ( "red" , "black" , "green" ) ) ) (102 ) )

这是不聚类,也可以聚类,颜色是三个颜色,红,黑,绿,可以自定义颜色,看你的喜欢




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 楼主| 发表于 2016-11-11 15:41:37 | 显示全部楼层
本帖最后由 咔吧耀 于 2017-2-13 16:44 编辑

[Python] 纯文本查看 复制代码
library(pheatmap)
data=read.table("heatmap-TEST.txt.txt",header=T)
pheatmap(data,scale="row",cluster_rows = F,cluster_cols = F,color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(300))

上传附件,按照这个代码,就可以生成一副热图了~

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发表于 2018-8-29 10:03:51 | 显示全部楼层
学习了  谢谢楼主
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发表于 2018-9-18 20:47:49 | 显示全部楼层
第二幅图的legend中的曲线是什么东西啊?还有这种操作?
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发表于 2019-3-18 08:59:05 | 显示全部楼层
请问,如何将数据中的NA表现在图上,同时还能进行聚类?
其中表现NA可以加上参数 na_col="#D0D0D0",但是聚类时又出错,不知道能有什么办法实现。
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