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4. 约翰霍普金斯大学 Bioconductor for Genomic Data Science

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发表于 2016-9-2 14:16:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 happylittlepig 于 2016-9-2 21:18 编辑

http://kasperdanielhansen.github.io/genbioconductor/
Bioconductor的安装、相关R包的学习。
推荐指数三星。

约翰•霍普金斯大学(The Johns Hopkins University),简称Hopkins或JHU,成立于1876年,是一所世界顶级的著名私立大学,美国第一所研究型大学,也是北美顶尖大学学术联盟美国大学协会(Association of American Universities)的14所创始校之一。霍普金斯大学不仅拥有全球顶级的医学院、公共卫生学院、国际关系学院,其生物工程、空间科学、社会与人文科学,音乐艺术等领域的卓越成就也名扬世界。
关键词:生信技能树自学 R bioconductor

以下是部分课程内容,更多请看跟贴

Class Website:
Resources
Videos and material were prepared using the followingsoftware

  • R version 3.2.1 (available from CRAN).
  • RStudio version 0.99.467 (available from RStudio).
  • Bioconductor version 3.1.
Installation help
Other sources of help






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学习的痛苦是一时的,学到的快乐是长久的。
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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:17:34 | 显示全部楼层
本帖最后由 happylittlepig 于 2016-9-2 14:22 编辑

Course Materials
All materials are available on the Coursera website as well as on the course GitHub page. The materials on the GitHub website will be updated continuously as needed, whereas the materials hosted on Coursera will not change after the course has started.
The course consists of a number of video lecture. Most of the video lectures are supported by a script in R markdown which we render in HTML and we provide the stand-alone R code. We recommend reading these lectures following the HTML links. Changes and improvements to these scripts are welcome at the class GitHub repository.
There is a few number of video lectures supported by slides made in Google Slides. We link to the original slides and provide them in HTML.
Videos are available both on the Coursera website as well as on Youtube. Links are provided to both locations.
Week 1
N
Lecture
Time
Coursera
Youtube
Material
Code
Source
1
What is Bioconductor
(7:18)
NA
2
Installing Bioconductor
(3:39)
NA
3
The Bioconductor Website
(9:56)
NA
4
Useful Online Resources
(5:08)
NA
5
R Base Types
(18:11)
6
GRanges - Overview
(4:42)
NA






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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:18:59 | 显示全部楼层
7
IRanges - Basic  Usage
(12:12)
8
GenomicRanges -  GRanges
(8:44)
9
GenomicRanges -  Basic GRanges Usage
(8:14)
10
GenomicRanges -  seqinfo
(6:13)
11
AnnotationHub
(8:23)
12
Usecase -  AnnotationHub and GRanges, part 1
(12:56)
13
Usecase -  AnnotationHub and GRanges, part 2
(13:46)
  
Total
(119:22)


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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:19:15 | 显示全部楼层
本帖最后由 happylittlepig 于 2016-9-2 14:23 编辑

Week 2
N
Lecture
Time
Coursea
Youtube
Material
Code
Source
14
Biostrings
(7:04)
15
BSgenome
(6:35)
16
Biostrings - Matching
(6:18)
17
BSgenome - Views
(9:21)
18
GenomicRanges - Rle
(12:01)
19
GenomicRanges - Lists
(8:02)
20
GenomicFeatures
(18:30)
21
rtracklayer - Data Import
(14:44)

Total
(82:35)

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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:20:18 | 显示全部楼层
本帖最后由 happylittlepig 于 2016-9-2 14:22 编辑

Week 3
N
Lecture
Time
Coursera
Youtube
Material
Code
Source
  
22
  
  
Basic Data Types
  
  
(4:59)
  
              
NA
  
    
23
Annotation  Overview
(4:33)
NA
24
ExpressionSet  Overview
(4:19)
NA
25
ExpressionSet
(9:50)
26
SummarizedExperiment
(7:44)
27
GEOquery
(6:34)
28
biomaRt
(13:48)
29
S4 Classes
(16:56)
30
S4 Methods
(10:15)

  
Total
(78:58)



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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:21:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 happylittlepig 于 2016-9-2 14:23 编辑

Week 4





  
31
  
Getting data  into Bioconductor
  
  
(6:32)
  
              
NA
  
    
32
ShortRead
(4:09)
33
Rsamtools
(12:56)
0
oligo
(14:19)
0
limma
(16:38)
0
minfi
(11:18)
0
Count Based  RNAseq
(15:34)

  
Total
(81:26)


This page was last updated on 2015-09-07 08:44:29 EasternTime.

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发表于 2017-5-2 12:38:57 | 显示全部楼层
多谢楼主
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发表于 2017-6-6 09:50:02 | 显示全部楼层
好大一波的RMD文件呀
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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