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【转】GWAS中曼哈顿图和QQ plot的画法

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发表于 2016-11-17 19:32:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 zw579 于 2016-11-17 19:36 编辑

这里将使用1个专门的R包——qqman

绘图使用的数据格式大概如下:

共4列,分别是:SNP-id,染色体编号,SNP坐标,P value。

SNP CHR BP         P
rs1   1  1 0.9148060
rs2   1  2 0.9370754
rs3   1  3 0.2861395
rs4   1  4 0.8304476
rs5   1  5 0.6417455
rs6   1  6 0.5190959

备注:范例的SNP坐标是连续的,但真实的SNP数据的坐标肯定是断续的。但这个差别不影响大家后续的练习。

其他不多说了,上代码~

#############<代码开始>############
# 安装qqman包
install.packages("qqman")
library(qqman)
# gwasResults 是系统自带的gwas分析结果范例;
# 这个范例文件共4列,分别是:SNP-id,染色体编号,SNP坐标,P value;
# 如果是你自己的数据,也整理成这个格式,然后read.table()读进来就ok了。
head(gwasResults)
#画个最基础的曼哈顿图,没有颜色;阈值线按照默认,会在-log10=5和8的位置画两阈值线;
manhattan(gwasResults)
fig.1

#我们可以调用参数画更美丽的曼哈顿图;
#添加标题 (main=), 限制Y轴范围 (ylim=), 减少点的大小到60% (cex=),减少X轴标签的字体大小到90%(cex.axis=).
#改变颜色(col=),去除suggestive的P值阈值线(默认为5),将genome-wide significance lines的值改为6(默认8)
#按照我们自己的要求修改染色体的标签;
manhattan(gwasResults, main = "Manhattan Plot", ylim = c(0, 10), cex = 0.6, cex.axis = 0.9, col = c("blue4", "orange3"), suggestiveline = F, genomewideline = 6, chrlabs = c(1:20, "P", "Q"))

fig.2

#试试仅查看1号染色体
manhattan(subset(gwasResults, CHR == 1))
fig.3


#我们感兴趣的100个SNP,已经提前存储在了snpsOfInterest这个向量里;
# 查看这个向量试试
snpsOfInterest
#重点查看这100个SNP,并使用6为-logP的阈值,100个SNP将被高亮显示
manhattan(gwasResults, highlight = snpsOfInterest,suggestiveline = F, genomewideline = 6)
fig.4


#试试仅仅查看3号染色体,并高亮显示我们感兴趣的SNP
#并使用xlim 参数缩放集中显示 200-500这个区间
#不要为 xlim = c(0.0002,0.0005)感到奇怪,这个包的局部曼哈顿图的物理坐标单位是Mb,好像没法修改;
manhattan(subset(gwasResults,CHR == 3), highlight = snpsOfInterest, xlim = c(0.0002,0.0005), main = "Chr 3",suggestiveline = F, genomewideline = 6)

fig.5


#为gwas分析的结果绘制QQ plot,仅仅使用 qq() 这个命令足够了
qq(gwasResults$P)

fig.6

# 我们还可以QQ plot添加其他参数
qq(gwasResults$P, main = "Q-Q plot of GWAS p-values", xlim = c(0, 6), ylim = c(0,9), pch = 18, col = "blue4", cex = 1.5, las = 1)

fig.7





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 楼主| 发表于 2017-5-2 10:20:23 | 显示全部楼层
之前跟broad的老师交流,曼哈顿图p值不是很大的位点从图上看应该尽量压缩到下面,而p值显著的位点突出在上面才是一个好的曼哈顿图,不然重新回去做质控吧。QQ图只在尾巴上翘起,显示显著性位点,如果从开始就偏离了,也赶紧回去重新做质控吧
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发表于 2016-11-26 21:41:14 | 显示全部楼层
赶紧收藏了
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发表于 2017-4-13 16:03:04 | 显示全部楼层
不错,给楼主赞一个。非常轻巧
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发表于 2018-1-3 11:08:57 | 显示全部楼层
学习了,有没有原始数据练下手
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发表于 2018-3-10 18:03:51 | 显示全部楼层
刚好在做GWAS,学习了
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