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reads分布的统计以及画图

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发表于 2016-11-17 20:59:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
准备工作:软件:python,RSeQC,R,以及R包ggplot2、stringr文件,bam/sam文件,bed文件。
通过tophat,STAR等获得bam/sam文件。比如我的是tophat产生的accepted_hits.bam文件。
python也要安装好。自行搜索python的安装。
RSeQC软件的安装http://rseqc.sourceforge.net/,这里面还有很多其他的小工具,点开read_distribution.py;可以看到官方的说明是以下这个命令:
read_distribution.py  -i Pairend_StrandSpecific_51mer_Human_hg19.bam -r hg19.refseq.bed12
其中-i 参数后面跟的是你的比对到基因组后的bam文件,-r后面跟的是bed文件,此文件有两种方法可以下载,一是在这个网站的最上面Download gene models ,下载自己基因组对应的的bed文件,也可以从UCSC的table brower中下载bed文件,
bed文件每一列的解释点击上图中的,即可以看到每列的解释。
然后运行
read_distribution.py  -i accepted_hits.bam -r hg19_UCSC_knownGene.bed >$NAME.read_distribution.out.txt 得到如下结果。
[img]file:///C:/Users/Administrator/AppData/Roaming/Tencent/Users/1075827662/QQ/WinTemp/RichOle/%60OJMV~T~QUDFXY7R8@JRTI6.png[/img]
然后根据这个结果用R画图
library(stringr)
library(ggplot2)
dat <-readLines("$Dis/$NAME.read_distribution.out.txt")
t1 <-dat[5:15]
t1
t2 <-gsub("[[:space:]]+"," ", t1)
t2
t3 <-paste(t2,collapse="\n")
t3
t4 <- read.table(textConnection(t3),header=T)
count <-t4[c(1:4,7,10),]
count
ggplot(count, aes(x="",y=Tag_count,fill=Group))+geom_bar(width=1,stat="identity",position="fill")+coord_polar("y",start=0)+labs(title="$NAME")
ggsave("$NAME.read_distribution.pdf")

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发表于 2016-11-17 21:49:52 | 显示全部楼层
1075827662暴露了QQ号~
代码可以高亮~
为什么你的R代码里面用$符号呢? 你是用perl程序输出R程序再运行?
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2016-11-17 22:27:28 来自手机 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-11-17 21:49
1075827662暴露了QQ号~
代码可以高亮~
为什么你的R代码里面用$符号呢? 你是用perl程序输出R程序再运行?

是的,不好意思,忘记改下了
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发表于 2017-3-9 20:07:27 | 显示全部楼层
请问,可用于全基因组数据吗?
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发表于 2017-12-27 11:49:55 | 显示全部楼层
TES是什么?
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发表于 2018-5-10 16:32:34 | 显示全部楼层

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