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[peaks-calling] chip-seq

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发表于 2016-11-18 10:32:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
macs得到的peaks文件里面没有包含正负链信息,请问一下,怎么样才能够将这些peaks的正负链信息给得到
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发表于 2016-11-18 10:54:37 | 显示全部楼层
题目太简单,请修改~
peaks没有strand的说法,本来就不需要
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2016-11-18 11:27:34 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-11-18 10:54
题目太简单,请修改~
peaks没有strand的说法,本来就不需要

做的是RIP-seq,想将这个peaks的位置做成GTF文件,然后用ht-seq counts 算出这些peaks上的counts数目,所以得知道这些peaks的正负链信息。
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发表于 2016-11-18 11:44:29 | 显示全部楼层
科学的搜查官 发表于 2016-11-18 11:27
做的是RIP-seq,想将这个peaks的位置做成GTF文件,然后用ht-seq counts 算出这些peaks上的counts数目,所 ...

如果peaks在transcript区域,你就用transcript的strand信息吧,如果是定位在其它区域,本来就无所谓正负链,你如果只是想counts这些peaks的表达量,strand一列置为dot占位,应该也可以把,用bedtools来counts会更好一点,它反正不需要strand信息
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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