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设计的突变位点应该是可以在mRNA-seq测序数据中看到

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发表于 2016-11-18 11:38:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
定点突变好像用一种PCR方法即可,虽然我没做过,问过实验室同学,说不难。一般会设计突变前后蛋白特异性抗体来实验验证也没有突变成功,也可以sanger测序,金标准来看是否突变成功。
同样的,突变与否的细胞系分别做mRNA-seq,理论上也应该是可以在mRNA-seq测序数据中看到突变!

比如对Histone H3.3这个蛋白来说:我们打开比对后的bam文件,定位到H3F3A基因,就可以看到如下突变形式:


        10         20         30         40         50
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAA
RKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR
        60         70         80         90        100
EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSAV MALQEACEAY
       110        120        130
LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

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 楼主| 发表于 2016-11-18 11:41:02 | 显示全部楼层
如果有同学能跟帖介绍一下PCR方法的定点突变就好了!
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