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需要多少个变异才能精确定位到一个人?

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发表于 2016-11-20 21:50:42 | 显示全部楼层 |阅读模式
我们都知道,人与人之间的基因组差异并不大,拿到全基因组测序数据分析可以得知自己与人类的参考基因组的snv差异也就四百万个,indel还不到五十万,如果有一个群体,比如EXAC的六万多人,他们的snp都是已知的, 我们需求提取多少个位点信息就能准备的分辨出每个人呢?
我觉得一千个应该就足够了,选取MAF解决0.5的那些位点,需要的位点更少,具体的统计学思路是什么呢?



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发表于 2016-11-21 01:30:31 | 显示全部楼层
我来消灭零回复
如果不指定突变率,理想情况下,每个选取的位点恰好能把每个叶节点一分为二的话,应该是log2, 60k ~ 16 个位点。但是选取50%突变率的最坏情况是每个叶节点都要一个新的突变来分支,那么需要的个数就是这个二叉树的分支数,2 ^ 15 + 1 个,所以看上去并不是一个很好的选择。
如果突变率足够小,那么每个比较轻的分支应该不用担心需要新的位点来判断,所以我们只需要看最重的那个分支,即每次判断没有突变的那一个群体。为了使n次判断以后最大的那个群体人数小于2:
total * (1 - p) ^ n < 2
我用1%算出来是1025, 0.5%是2049

不知道这么想是否合理
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发表于 2017-1-3 13:51:08 | 显示全部楼层
这个应该有现成的答案了,类似确定DNA确定死者身份、亲子鉴定等。
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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
sheep 发表于 2016-11-21 01:30
我来消灭零回复
如果不指定突变率,理想情况下,每个选取的位点恰好能把每个叶节点一分为二的话,应该 ...

哇塞,能不能详细说下,感觉好抽象,谢谢!
苛求远离完美
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