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物种特异性序列有数据库吗?

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发表于 2016-11-20 21:58:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
拿到一个高通量测序数据,如何迅速判断它属于哪个物种?
我只需要知道是最可能是哪些物种,我不需要知道污染序列是那些物种的什么基因,所以不想下载nr/NT库



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你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2016-12-31 11:15:35 来自手机 | 显示全部楼层
个人觉得可以参考平时做的污染排查,随机抽取部分reads做NT比对,看比对上的比例最大的物种
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 楼主| 发表于 2016-12-31 11:20:42 | 显示全部楼层
秋叶麒麟 发表于 2016-12-31 11:15
个人觉得可以参考平时做的污染排查,随机抽取部分reads做NT比对,看比对上的比例最大的物种 ...

普通的物种归类,好像用NCBI的NR库做blast就好了,但是我看了一下NR库,太可怕了,压缩包就24.7G 了,里面包含了所有生物的已知基因。但是我只是想看看我的一些reads的物种分布而已,ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/
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