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什么是quantile normalization

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发表于 2016-11-23 19:49:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
提到normalization很多人都烦了,几十种方法,而对于芯片或者其它表达数据来说,最常见的莫过于quantile normalization啦。那么它到底对我们的表达数据做了什么呢?首先要么要清楚一个概念,表达矩阵的每一列都是一个样本,每一行都是一个基因或者探针,值就是表达量咯。quantile normalization 就是对每列单独进行排序,排好序的矩阵求平均值,得到平均值向量,然后根据原矩阵的排序情况替换对应的平均值,所以normalization之后的值只有平均值了。具体看下面的图:

在R里面,推荐用preprocessCore 包来做quantile normalization,不需要自己造轮子啦!

但是需要明白什么时候该用quantile normalization,什么时候不应该用,就复杂很多了,自己看
http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2014/12/04/012203.full.pdf







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你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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