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不是只有WGCNA里面才有hub genes的概念

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发表于 2016-11-23 20:43:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
我看到了一个博客里面介绍了hub gene的点点滴滴,包括测序数据和R脚本,分享给大家!
https://labs.genetics.ucla.edu/h ... twork/MetaAnalysis/
When is hub gene selection better than standard meta-analysis?
第一次接触hub gene的概念还是我们论坛的hope大神写的http://www.biotrainee.com/thread-205-1-1.html ,那时候我以为hub genes是做WGCNA提出来的。看到这个博客我才发现不是的~hub genes的对应 network analysis 的!!!

只要是network analysis都可以,A number of researchers have suggested the detection of disease-related networks, for instance, the co-expression network (7), protein-protein interaction (PPI) network (8), protein phosphorylation networks (9) and the DNA methylation network (10)

还可以用multi-view differential network analysis model (MEDIA).或者MCODE等一系列统计学方法:http://www.geneticsmr.com/articles/5607
一般都是在cytoscape里面找hub genes的








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发表于 2016-11-24 14:18:56 | 显示全部楼层
这个好,可以自己下数据重复,谢谢啦!自己倒腾下
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