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12. 伯明翰阿拉巴马大学 生物信息教程

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发表于 2016-9-2 14:49:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 happylittlepig 于 2016-9-2 14:59 编辑

涉及到统计遗传学,高通量测序技术,功能基因组,转录组,云计算的基础知识
有视频,推荐指数5

部分课程如下,详细内容请看给出链接
  
A
  
Statistical  Genetics
 
B
5th short course  on next-generation sequencing:thechnology and statistical methods
高通量测序技术,功能基因组,转录组,云计算的基础知识
C
5th Short Course  on Statistical Genetics and Genomics
基因组学,GWAS,Pharmacogenomics,生物统计、转录组,表观遗传学,宏基因组学的等遗传基因组学基础知识

阿拉巴马大学伯明翰分校(伯明翰)简称UAB,是一所公立的大学,它位于美国阿拉巴马州的伯明翰地区。阿拉巴马大学伯明翰分校(伯明翰)是阿拉巴马州教育系统内的三个自治教育机构之一,另外两所为阿拉巴马大学托斯卢萨校区和阿拉巴马大学汉茨威尔校区(汉茨威尔)两所学校。




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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:50:12 | 显示全部楼层
A#######################################################
Statistical Genetics
#######################################################
COURSES & EVENTS
Archives
·         Grant Writing Skills Workshop (2002)
·         HPC Bootcamp (2006, 2007, 2008, 2009, 2011)
·         NHGRI Haplotype Conference (2008)
·         NHGRI Next Generation Sequencing Short Courses (2011, 2012, 2013, 2014, 2015)
·         NIAMS StatGen Course (2005, 2006)
·         NIDDK StatGen Course (2001, 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008)
·         NIGMS Short Courses (2011, 2012, 2013, 2014, 2015)
·         NSF StatGen Course (2008, 2009)
·         NSF Plant Microarray Short Course (2005, 2006)
·         One Day Courses (2002, 2006, 2008, 2010)
·         Professional Development (2008, 2009, 2010)
·         R Short Course (2006)
·         SSG Seminars Archive (2001-2015)


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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:51:44 | 显示全部楼层
B  #########################################################
5th short course on next-generation sequencing:thechnology and statistical methods
##############################################################
Next-generation sequencing technology is impacting almost all aspects of biomedical research. This technology generates an unprecedented wealth of data that demands novel analysis strategies. While IT infrastructure and bioinformatics developments are obviously required to enable sound information extraction, sophisticated statistical methodologies and algorithms are also essential for interpreting the data. In this regard, we are organizing a NHGRI funded four-day short course, calling statisticians, genetic epidemiologists, bioinformaticians, and genome biologists, to discuss the statistical challenges and opportunities in next-generation sequencing data analysis. We believe that this course will provide a venue for exchanging of cutting-edge information and ideas, and fostering collaborations among methodologists, analysts, and biomedical investigators.
Schedule of Events: Tentative Agenda and Speakers [PDF file
Mon 12/14/15 - UAB in Birmingham, AL
Time
Topic
Speaker
Resource(s)
08:00 - 09:15 AM
Registration-Room 121 - Coffee, Tea, Juice, Associate Muffins, Fruit
Wanda C. Skipwith/Mary Ann Rice
09:15- 09:30 AM
Introductory Remarks
Hemant Tiwari, PhD – UAB
09:30 - 10:30 AM
High Performance DNA Sequencing
Shawn Levy, PhD –HudsonAlpha Institute of Biotechnology
10:30 - 10:45 AM
Discussion
Shawn Levy, PhD
10:45 - 11:00 AM
BREAK
11:00 - 12:00 PM
Next Generation Sequencing in Methylation Studies
Devin Absher, PhD -HudsonAlpha
12:00 - 12:15 PM
Discussion
Devin Absher, PhD
12:15 - 01:30 PM
LUNCH – You are free to try any of the local eating places in the area
01:30 - 02:30 PM
From Reads to Genotypes Variant Calling and Assembly
Degui Zhi, PhD - UAB
02:30 - 02:45PM
Discussion
Degui Zhi, PhD
02:45 - 03:00PM
BREAK
03:00 - 04:00 PM
StatGenLab, a Virtual Machine for Genetic Data Analysis
Jelai Wang – Wang Scientific Software Solutions, LLC
04:00- 05:00 PM
Software Demonstration & Hands-on Computing (R & Bioinformatics File Formats)
Xiangqin Cui, PhD – UAB


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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:52:59 | 显示全部楼层
Tue 12/15/15- UAB in Birmingham, AL
  
Time
  
  
Topic
  
  
Speaker
  
  
Resource(s)
  
  
  
  
Room 121 - Coffee, Tea, Juice, Associated Muffins, Fruit
  
  
  
  
  
  
09:30 - 10:30 AM
  
  
Functional Genomics
  
  
Dan Savic, PhD –
  HudsonAlpha
  
    
  
10:30 - 10:45 AM
  
  
Discussion
  
  
Dan Savic, PhD
  
  
  
  
10:45 - 11:00 AM
  
  
BREAK
  
  
11:00 - 12:00 PM
  
  
Predicting Causal Variation
  
  
Greg Cooper, PhD -HudsonAlpha
  
    
  
12:00 - 12:15 AM
  
  
Discussion
  
  
Greg Cooper, PhD
  
  
  
  
12:15 - 01:30 PM
  
  
LUNCH – You are free to try any of the local eating places in  the area
  
  
01:30- 02:30 PM
  
  
Rare Variants Analysis
  
  
Michael Wu, PhD - Fred  Hutchinson Cancer Research Center
  
    
  
02:30- 02:45 PM
  
  
Discussion
  
  
Michael Wu, PhD
  
  
  
  
02:45 - 03:00 PM
  
  
BREAK
  
  
03:00- 06:00 PM
  
  
Software Demonstration & Hands-on Computing (Exome &  Whole Genome NGS)
  
  
Michael Wu, PhD;
  Degui Zhi, PhD
  
  
  
  
07:00- 09:00 PM
  
      
Participants & Faculty
  
  
  












































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 楼主| 发表于 2016-9-2 14:54:36 | 显示全部楼层
Wed 12/16/15 - UAB in Birmingham, AL
  
Time
  
  
Topic
  
  
Speaker
  
  
Resource(s)
  
  
  
  
Room 121 - Coffee, Tea, Juice, Associated Muffins, Fruit
  
  
  
  
  
  
09:30 - 10:30 AM
  
  
Transcriptome Analysis Using NGS
  
  
Xiangqin Cui, PhD - UAB
  
    
  
10:30 - 10:45 AM
  
  
Discussion
  
  
Xiangqin Cui, PhD
  
  
  
  
10:45 - 11:00 AM
  
  
BREAK
  
  
11:00 - 12:00 PM
  
  
Analysis of Whole-genome Bisulfite Sequencing Data
  
  
Karen Conneely, PhD –Emory  University
  
    
  
12:00 - 12:15AM
  
  
Discussion
  
  
Karen Conneely, PhD
  
  
  
  
12:15 - 01:30 PM
  
  
LUNCH BREAK
  
  
01:30 - 02:30 PM
  
  
Introduction to ChIP-Seq Data Analyses
  
  
Hao Wu, PhD – Emory University
  
    
  
02:30 - 02:45 PM
  
  
Discussion
  
  
Hao Wu, PhD
  
  
  
  
02:45 - 03:00 PM
  
  
BREAK
  
  
03:00- 06:00 PM
  
  
Software Demonstration & Hands-on Computing (ChiP-seq  Software, BSmooth and DSS)
  
  
Hao Wu, PhD; Karen Conneely, PhD
  
  
  

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