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[Perl] perl语言求助

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发表于 2016-12-4 19:05:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
小白求助 ,编写一个程序寻找基因之间的关系。就是已有一些基因到另一个文件里面(biogrid)寻找其互作关系,跪求帮忙



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 楼主| 发表于 2016-12-4 22:33:49 | 显示全部楼层
print "请输入要处理的文件名:\n";
$pro_name=<>;
print "请输入结果名:\n";
$pro_result=<>;
print "输入成功!\n";
open RELA,"relation_pro.txt" or die "Error 1";
open PRO,"$pro_name" or die "Error 2";
while(<PRO>){
        @pro_1=split(",");
        chomp(@pro_1);
}
$RELA_COUNT=0;
while(<RELA>){
        open IN,">>$pro_result" or die "Error3";
        $RELA_COUNT++;
        @rela_pro=split("\t");
        chomp(@rela_pro);
        print "现在是第$RELA_COUNT条:$rela_pro[0]\t$rela_pro[1]\n";
        for($i=0;$i<=$#pro_1;$i++){
                for($j=0;$j<=$#pro_1;$j++){
                        if($rela_pro[0] eq $pro_1[$i] and $rela_pro[1] eq $pro_1[$j]){
                                print IN "$rela_pro[0]\t$rela_pro[1]\n";
                        }
                }
        }
        @rela_pro="";
        close IN;       
}
close RELA;
close PRO;
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 楼主| 发表于 2016-12-4 22:35:07 | 显示全部楼层
希望大神帮我看看哪里出问题了
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发表于 2016-12-6 09:07:44 | 显示全部楼层
Missxiang 发表于 2016-12-4 22:35
希望大神帮我看看哪里出问题了

这个while(<RELA>)应该写在while(<PRO>)里面
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发表于 2016-12-7 09:43:06 | 显示全部楼层
很简单!
grep -w -f gene.lis bigrid.ppi.list
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