求助Affymetrix芯片数据分析

shitou6 · 发表于 2016-12-6 18:13:57

Affymetrix GeneChip Human Transcriptome Array 2.0的芯片数据如何分析？有没有免费的软件推荐？谁可以帮忙提供软件，谢谢

ydchen · 发表于 2016-12-7 09:42:44

HTA2.0是最新的affymetrix芯片了，暂时没有配套的流程

y461650833y · 发表于 2016-12-21 22:01:24

去bioconductor 看看有没有对应的注释包

shitou6 · 发表于 2017-1-24 13:45:24

@ydchen, @y461650833y 谢谢两位的回复，问题基本解决了，解决方法如下：
第一步：用Affymetrix® Expression Console™ Software 得到normalization后的数据（1.读取.cel 文件，对数据进行QC评估，2.导出样本标准化后的数据结果--有注释）
第二步：用Affymetrix® Transcriptome Analysis Console (TAC) Software 对第一步得到的结果进行差异表达分析，得到差异表的基因列表，进而进行一些后续分析
两个软件都可以在affy上下载（Home > Products > Microarray Solutions > RNA Analysis Solutions > 3' IVT Expression Profiling > Instruments & Software > Software > Expression Analysis）

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