搜索
查看: 3220|回复: 3

求助Affymetrix芯片数据分析

[复制链接]

1

主题

3

帖子

30

积分

新手上路

Rank: 1

积分
30
发表于 2016-12-6 18:13:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
Affymetrix GeneChip Human Transcriptome Array 2.0的芯片数据如何分析?有没有免费的软件推荐?谁可以帮忙提供软件,谢谢



上一篇:perl语言求助
下一篇:关于血液病肿瘤不得不知的两个融合基因(下)
回复

使用道具 举报

365

主题

512

帖子

1713

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
1713
发表于 2016-12-7 09:42:44 | 显示全部楼层
HTA2.0是最新的affymetrix芯片了,暂时没有配套的流程
回复 支持 反对

使用道具 举报

1

主题

43

帖子

463

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
463
发表于 2016-12-21 22:01:24 | 显示全部楼层
去bioconductor 看看有没有对应的注释包
人生若只如初见!
回复 支持 反对

使用道具 举报

1

主题

3

帖子

30

积分

新手上路

Rank: 1

积分
30
 楼主| 发表于 2017-1-24 13:45:24 | 显示全部楼层
@ydchen, @y461650833y 谢谢两位的回复,问题基本解决了,解决方法如下:
第一步:用Affymetrix® Expression Console™ Software 得到normalization后的数据(1.读取.cel 文件,对数据进行QC评估,2.导出样本标准化后的数据结果--有注释)
第二步:用Affymetrix® Transcriptome Analysis Console (TAC) Software  对第一步得到的结果进行差异表达分析,得到差异表的基因列表,进而进行一些后续分析
两个软件都可以在affy上下载(Home > Products > Microarray Solutions > RNA Analysis Solutions > 3' IVT Expression Profiling > Instruments & Software > Software > Expression Analysis)
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-9-22 00:09 , Processed in 0.039142 second(s), 27 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.