搜索
查看: 578|回复: 3

RNA-seq Normalization方法及DEG分析软件的选择

[复制链接]

19

主题

66

帖子

473

积分

版主

Rank: 7Rank: 7Rank: 7

积分
473
QQ
发表于 2016-12-8 08:11:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
分享一下自己上课做presentation的slides。简要讲了RPKM, TMM, voom等常用的RNA-seq数据Normalization/Scaling/Transformation的方法,以及做DEG分析时软件如何选取。既有对几篇文章的总结,也有自己的观点,所以内容不可全信,哈哈哈~~~

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
You really shouldn't spend your time reinventing the wheel
回复

使用道具 举报

4

主题

33

帖子

213

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
213
发表于 2016-12-8 17:55:35 | 显示全部楼层
不错,收了看看
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

6

帖子

130

积分

注册会员

Rank: 2

积分
130
发表于 2017-1-11 16:01:24 | 显示全部楼层
你好:
     请问一下,你下面这句话是根据什么原理?
“Depends on the sample type
Homogeneous cell lines, inbred lines, etc - maybe 3 samples
Clinical case-control studies on patients - can need a dozen, hundreds or thousands, depending on the specifics”

    因为我也看了一些文献,关于生物重复 的设置,也没有具体的定论。看到一篇文献,"How many biological replicates are needed in an RNA-seq experiment and which differential expression tool should you use?"  建议是至少6组重复实验。
    能不能讲解一下,你们做RNA-seq的时候,生物实验重复的个数?
    谢谢!
回复 支持 反对

使用道具 举报

19

主题

66

帖子

473

积分

版主

Rank: 7Rank: 7Rank: 7

积分
473
QQ
 楼主| 发表于 2017-1-12 03:38:54 | 显示全部楼层
sophieliu 发表于 2017-1-11 16:01
你好:
     请问一下,你下面这句话是根据什么原理?
“Depends on the sample type

Of course the more the better. If you are comparing wild type with mutant, or comparing gene expression between different treatments, at least 3 replicates for each group. But if you are working on human disease case-control study, much more samples are needed
You really shouldn't spend your time reinventing the wheel
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|关于我们|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2017-4-28 01:12 , Processed in 0.027664 second(s), 28 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.