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15. 印第安纳大学 Next Generation Sequencing Course

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发表于 2016-9-2 15:09:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 happylittlepig 于 2016-9-2 21:14 编辑

涉及高通量测序原理、数据处理基础知识、DNA-seqRNA-seq
一个华人讲的课程,课时较长,没有PPT,英语好、有耐心的同学推荐学习一下,讲得还不错。推荐指数5星。
Syllabus:
  
Week
  
  
Date
  
  
Lecture
  
  
1
  
  
Aug 23
  
  
Overview of next generation sequencing technology [VIDEO  RECORDING]
  
·          What is NGS?
  
·          Platform overview
  
·          Biological applications
  
·          Basic concepts
  
·          Recent scientific breakthroughs  using NGS technology
  
·          Class overview
  
  
2
  
  
Aug 30
  
  
Data processing [VIDEO RECORDING]
  
·          Analysis workflow
  
·          Sequence quality evaluation
  
·          Alignment theories
  
·          Data formats
  
·          Data visualization
  
  
3
  
  
Sep 6
  
  
DNA-seq I [VIDEO RECORDING]
  
·          What is genetic variations?
  
·          States of the genetic research  for complex disease prior to high throughput sequencing
  
·          NGS and genetics of complex  disease (etiology)
  
·          NGS and personal genome  sequencing
  
·          Experimental considerations
  
o    Whole  genome sequencing
  
o    Target  sequencing
  
o    Pool  sequencing
  
  
4
  
  
Sep 13
  
  
  
DNA-seq II – Bioinformatics topics for DNA-seq data  analysis [VIDEO RECORDING]
  
·          Sequencing mappability
  
·          Refined alignment
  
·          Base quality recalibration
  
·          Variants identification for
  
o    Diploid  genome
  
o    Pooled  DNA sequencing
  
o    Cancer  genome
  
·          Variation recalibration
  
·          Pair-ends – identifying  structure variants
  
  
5
  
  
Sep 20
    
  
Guest  Lecture - Drs. Howard Edenberg and Xiaoling Xuei
  
·          Basics of library preparation  protocols for SOLiD platform
  
·          Tour to the Center for Medical  Genomics sequencing facility
  
  
6
  
  
Sep 27
  
  
Guest lecture – Dr. Tatiana Foroud [VIDEO RECORDING]
  
·          Exome sequencing in FIA and PD
  
DNA-seq  III
  
·          Prioritizing genetic variants
  
o    Non-synonymous  variants (SIFT, PolyPhen)
  
o    Synonymous  variants
  
o    Regulatory  variants
  
·          Statistical methods on rare  variants
  
  
7
  
  
Oct 4
  
  
RNA-seq I [VIDEO RECORDING]
  
·          Biological theories on RNA-seq  experiments
  
·          Experimental considerations
  
·          Published examples
  
·          Major scientific advance using  RNA-seq
  
·          Alignment
  
·          Gene expression analysis
  
  
8
  
  
Oct 11
  
  
RNA-seq II [VIDEO RECORDING]
  
·          Differential expression analysis
  
·          Alternative splicing
  
  
9
  
  
Oct 18
  
  
RNA-seq III [VIDEO RECORDING]
  
·          Transcript variation
  
·          Allele-specific expression
  
·          RNA editing
  
·          smRNA
  
ChIP-seq  I Introduction
  
·          Biological theories on ChIP-seq  analysis
  
·          Published studies
  
  
10
  
  
Oct 25
  
  
ChIP-seq II Experimental and Bioinformatics Considerations [VIDEO  RECORDING]
  
·          Experimental considerations
  
·          DNA frament evaluation
  
·          Peak identification
  
·          Two condition comparison
  
·          Saturation analysis
  
·          Motif finding and related  theories
  
  
11
  
  
Nov 1
  
  
Guest lecture - Dr. Milan Radovich  [VIDEO  RECORDING]
  
·          Next generation sequencing in  cancer research
  
Guest lecture - Dr. Matteo Vatta  [VIDEO  RECORDING]
  
·          Clinical sequencing
  
  
12
  
  
Nov 8
  
  
ChIP-seq III - Bioinformatics topics in ChIP-seq analysis [VIDEO  RECORDING]
  
·          DNA methylation
  
o    Experimental  considerations
  
o    Statistical  considerations
  
o    Bioinformatics  tools
  
·          Histone modification
  
o    Experimental  approaches
  
o    Statistical  considerations
  
o    Hidden  Markov model annotating histone marks
  
  


印第安纳大学创建于1820年,是一所享有盛誉的明星级大学。




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学习的痛苦是一时的,学到的快乐是长久的。
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