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芯片数据分析【第七讲:获取string数据库的PPI网络数据】

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发表于 2016-12-14 14:40:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
第七讲:根据差异基因list获取string数据库的PPI网络数据


这一个,我在博客里面也说的很清楚了:用R的bioconductor里面的stringDB包来做PPI分析
PPI本质上是根据一系列感兴趣的蛋白质或者基因(可以是几百个甚至上千个)来去PPI数据库里面找到跟这系列蛋白质或者基因的相互作用关系!
本次的主角是stringDB,顾名思义用得是大名鼎鼎的string数据库,



本来还以为需要自己上传自己的基因给这个数据库去做分析,没想到他们也开发了R包,主页见: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/STRINGdb.html 而我比较喜欢用编程来解决问题,所以就学了一下这个包,非常好用!




可以string数据库的主页直接上传基因列表,得到网络图,甚至可以做GO/KEGG的富集分析,当然也可以在R里面完成!

string是最出名的PPI数据库,但也有一些其它:



除了PPI数据库,还有一些其它;         http://www.biotrainee.com/thread-519-1-1.html

A number of researchers have suggested the detection of disease-related networks, for instance, the co-expression network (7), protein-protein interaction (PPI) network (8), protein phosphorylation networks (9) and the DNA methylation network (10)






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 楼主| 发表于 2016-12-14 21:54:52 | 显示全部楼层
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