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[position-annotation] 拿到chip-seq 的一些peaks的bed文件后怎么看对应的基因位置

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发表于 2016-12-15 19:36:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近在看一些chip-seq的处理流程。。我也不太懂步骤啥意思,反正就是bowtie -macs  -ceas 最后拿到一些 narrow_peaks.bed 文件 我想拿到它定位到基因组的那些基因以及这些peaks的序列。该怎么弄。。。
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发表于 2016-12-15 19:56:17 | 显示全部楼层
首先,你可以把它载入到IGV,一个个的看
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2016-12-15 21:41:10 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-12-15 19:56
首先,你可以把它载入到IGV,一个个的看

看了呃呃。。然后我想把他们匹配的靶基因和peaks序列都搞出来。该怎么弄呀
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发表于 2016-12-15 21:43:34 | 显示全部楼层
这个就麻烦了,你首先要学会R,然后用一个R包就好了
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2016-12-15 21:55:29 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-12-15 21:43
这个就麻烦了,你首先要学会R,然后用一个R包就好了

...有现成的步骤直接套吗 。。jimmy哥你博客有写过怎么取基因和peaks序列吗 哪一篇呀
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发表于 2016-12-16 18:18:20 | 显示全部楼层
阿斯顿规范司 发表于 2016-12-15 21:55
...有现成的步骤直接套吗 。。jimmy哥你博客有写过怎么取基因和peaks序列吗 哪一篇呀 ...

这么简单的事情,我都不想多说了,博客里面有呀,搜索chip-seq相关的
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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