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TCGA中提取lncRNA

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发表于 2016-12-19 14:39:47 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教一下怎么从TCGA下载的数据中提取lncRNA,根据他的名字自己编写脚本吗?有没有好的方法可以分享吗?

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发表于 2016-12-20 12:29:55 | 显示全部楼层
Yes, write a script to convert the Ensembl ID to official symbol first, and then extract the lncRNAs
You really shouldn't spend your time reinventing the wheel
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 楼主| 发表于 2016-12-20 15:32:20 | 显示全部楼层
bioinfo.dong 发表于 2016-12-20 12:29
Yes, write a script to convert the Ensembl ID to official symbol first, and then extract the lncRNAs

thank you very much
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发表于 2017-2-17 22:23:57 | 显示全部楼层
目前TCGA大部分的portal都只提供有限的lncRNA,因为当初做的是mRNA测序,没有考虑到lncRNA,不过有组织已经做好了。http://mitranscriptome.org/
the Tier 3 TCGA mRNA files contain expression data for only the limited number of lncRNAs that were known at the initiation of the TCGA project. As a result, tools for exploring TCGA data will not
contain many lncRNAs currently being studied. Although a platform has already been
developed to fill this gap (Li et al., 2015), to help the scientific community study lncRNAs
OncoLnc incorporates analyses and data for MiTranscriptome beta lncRNAs, http://
mitranscriptome.org/,
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-2-20 15:23:19 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-2-17 22:23
目前TCGA大部分的portal都只提供有限的lncRNA,因为当初做的是mRNA测序,没有考虑到lncRNA,不过有组织已经 ...

ok, thank you very much
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发表于 2018-3-19 12:09:04 | 显示全部楼层
您好,请问您成功提取出LncRNA表达谱了吗?最近我也在做这个,能否指教一下
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发表于 2018-10-11 10:14:22 | 显示全部楼层
楼主,成功过提取出来了吗?方便写个教程指导下大家吗?
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